# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: sslps-version-2.3.4 # GENERATED-ON: 2012/12/07 # PURPOSE: information about active Rat sslps extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### As of Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### As of Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### As of Nov 23, 2011 v. 2.3.1: no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### As of Dec 19 2011 v. 2.3.2: no data changes; improved internal QC. ### As of May 31 2012 v. 2.3.3: no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### As of Oct 22 2012 v. 2.3.4: fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 SSLP_RGD_ID RGD_ID of the sslp #2 SPECIES species name #3 SSLP_SYMBOL sslp symbol #4 EXPECTED_SIZE sslp expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) on sslp #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) on sslp #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 CLONE_SEQ_RGD_ID RGD_ID of clone sequence #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID RGD_ID of primer sequence #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 UNIGENE_ID UniGene ID(s) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this SSLP #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this SSLP #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this SSLP #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_3.4 chromosome for the current reference assembly v.3.4 #25 START_POS_3.4 start position for current reference assembly v.3.4 #26 STOP_POS_3.4 stop position for current reference assembly v.3.4 #27 CHROMOSOME_3.1 chromosome for the old reference assembly v.3.1 #28 START_POS_3.1 start position for old reference assembly v.3.1 #29 STOP_POS_3.1 stop position for old reference assembly v.3.1 #30 (UNUSED) #31 (UNUSED) #32 CHR_FHHxACI chromosome for FHH x ACI map #33 POS_FHHxACI absolute position (cM) on FHH x ACI map #34 CHR_SHRSPxBN chromosome for SHRSP x BN map #35 POS_SHRSPxBN absolute position (cM) on SHRSP x BN map #36 CHR_RH_2.0 chromosome for RH 2.0 map #37 POS_RH_2.0 absolute position (cR) on RH 2.0 map #38 CHR_RH_3.4 chromosome for RH 3.4 map #39 POS_RH_3.4 absolute position (cR) on RH 3.4 map # SSLP_RGD_ID SPECIES SSLP_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID CLONE_SEQ_RGD_ID CLONE_SEQUENCE PRIMER_SEQ_RGD_ID FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE UNIGENE_ID ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_3.4 START_POS_3.4 STOP_POS_3.4 CHROMOSOME_3.1 START_POS_3.1 STOP_POS_3.1 (UNUSED) (UNUSED) CHR_FHHxACI POS_FHHxACI CHR_SHRSPxBN POS_SHRSPxBN CHR_RH_2.0 POS_RH_2.0 CHR_RH_3.4 POS_RH_3.4 11449 rat D12Wox14 61089;1625128;4890412 9843218 1636703 CTGAGTTAGGGCACCTTCC CACCAACCCCAAGTCCAG 517776 AC096474;AC091537;M86375;CM000242;CH473973 oxsts5472;REP17 67394 Eln 12 12 23767713 23767870 12 23068543 23068700 11447 rat D16Wox10 62410;1625128;4890412 10673333;9870869 67651 AGGCTTTGATTGCAGGAAG AAAGAGCTGTCGTCCACAAC 240553 Y00169;CM000246;CH474031;JH618627 R435;RATTM4;TM4;oxsts5610 3899 Tpm4 16 16 17911414 17911526 16;16 18121277;18121278 18121390;18121390 16 18121275 18121388 11444 rat D8Mgh5 128 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34748 GACTACGCCATCTAGCTCCG GGCACTCAGACCAGGGTCT 119610 M15472;CM000238;CH474041;M15472 oxsts9212 3898 Tpm1 8 8 74055242 74055370 8;8 71344697;71344698 71344826;71344826 8 71363751 71363880 8 618.1 8 855.7 11446 rat D16Mgh4 150 1014;1016;62410;62411;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333;7704027 34747 AAACCCTTTGTAGCCCGTG CACAACTATGCATGAACAGAAGC 119472 Y00169;CM000246;CH474031;Y00169;JH618627 TM4;R0202-D03;oxsts8908 3899 Tpm4 16 16 17911428 17911547 16;16 18121292;18121291 18121411;18121411 16 18121289 18121409 16 12.2099 16 200.5 16 213.1 11450 rat D12Mgh12 140 1625128;4890412 34751 TGCCTGGTGGACCAGGAG ACCTCCGATACCAGGGCCCC 239829 NM_012722;BC085910;M60647;AC096474;AC091537;M86371;CM000242;CH473973 Rn.54384 oxsts8837;Eln 67394 Eln 12 12 23760871 23761010 12;12 23061700;23061701 23061840;23061840 12 22920521 22920661 12 344.2 11439 rat D1Mit30 182 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34715 TGTCTTGGCCTCTGATTTCA TGCTGTGTGGACGGAGATAA 120261 M26533;CM000231;CH473979;M26533 oxsts9007 3888 Klk1c2 1 1 88761687 88761868 1;1 94473940;94473941 94474122;94474122 1 94552051 94552233 1 595.2 1 904.9 11454 rat D13Mgh8 267 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34744 TTGAAAAAAGATGCAGCGTG AGAGGTCGGTCCATCCATC 119298 V01272;CM000243;V01272;JH617891;JH617895;CH474169 oxsts5531;D13Mgh8 3905 Trnan1 13 13 38990430 38990696 13;13;13;13 86915525;86915524;86935349;86935348 86915779;86915779;86935615;86935615 13 86929711 86929967 13 611.7 13 552.7 11456 rat D15Wox2 200 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 726692 GACGTCTATGTTGACCCTGG AATTCTCCACCTGAAGAGATATTAG 118054 M64733;CM000245;CH474023;M64733 oxsts5576;R437 3907 Clu 15 15 39864833 39865013 15;15 45398245;45398246 45398426;45398426 15 45414025 45414206 15 293.1 15 313.2 11479 rat D10Mit8 185 1014;62411;1625128;4890412 34758 CCTTGTCCTTCTCTAGGGCT ACCCAACAGGGAAATAGCTT 120629 NM_012663;BC074003;M24105;CM000240;CH473948 Rn.12939 R1102-B04;oxsts8818;D10Wox13;Vamp2 3949 Vamp2 10 10 52962925 52963033 10;10 55851702;55851703 55851811;55851811 10 55865325 55865434 10 46.5699 11455 rat D13Arb12 62410;1625128;4890412 8288230;10673333 67417 GTCTAGTTGTTAGGATTCGGCG 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