# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: sslps-version-2.4.1 # GENERATED-ON: 2014/10/17 # PURPOSE: information about active Rat sslps extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### As of Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### As of Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### As of Nov 23, 2011 v. 2.3.1: no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### As of Dec 19 2011 v. 2.3.2: no data changes; improved internal QC. ### As of May 31 2012 v. 2.3.3: no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### As of Oct 22 2012 v. 2.3.4: fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). ### As of Nov 20 2012 v. 2.4: rat: positions on assembly map 3.1 are no longer exported; instead position on assembly 5.0 are exported. ### As of Dec 26 2013 v. 2.4.1: no data changes; improved internal QC. # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 SSLP_RGD_ID RGD_ID of the sslp #2 SPECIES species name #3 SSLP_SYMBOL sslp symbol #4 EXPECTED_SIZE sslp expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) on sslp #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) on sslp #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 CLONE_SEQ_RGD_ID RGD_ID of clone sequence #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID RGD_ID of primer sequence #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 UNIGENE_ID UniGene ID(s) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this SSLP #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this SSLP #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this SSLP #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_5.0 chromosome for the current reference assembly v.5.0 #25 START_POS_5.0 start position for current reference assembly v.5.0 #26 STOP_POS_5.0 stop position for current reference assembly v.5.0 #27 CHROMOSOME_3.4 chromosome for the old reference assembly v.3.4 #28 START_POS_3.4 start position for old reference assembly v.3.4 #29 STOP_POS_3.4 stop position for old reference assembly v.3.4 #30 (UNUSED) #31 (UNUSED) #32 CHR_FHHxACI chromosome for FHH x ACI map #33 POS_FHHxACI absolute position (cM) on FHH x ACI map #34 CHR_SHRSPxBN chromosome for SHRSP x BN map #35 POS_SHRSPxBN absolute position (cM) on SHRSP x BN map #36 CHR_RH_2.0 chromosome for RH 2.0 map #37 POS_RH_2.0 absolute position (cR) on RH 2.0 map #38 CHR_RH_3.4 chromosome for RH 3.4 map #39 POS_RH_3.4 absolute position (cR) on RH 3.4 map # SSLP_RGD_ID SPECIES SSLP_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID CLONE_SEQ_RGD_ID CLONE_SEQUENCE PRIMER_SEQ_RGD_ID FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE UNIGENE_ID ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_5.0 START_POS_5.0 STOP_POS_5.0 CHROMOSOME_3.4 START_POS_3.4 STOP_POS_3.4 (UNUSED) (UNUSED) CHR_FHHxACI POS_FHHxACI CHR_SHRSPxBN POS_SHRSPxBN CHR_RH_2.0 POS_RH_2.0 CHR_RH_3.4 POS_RH_3.4 11449 rat D12Wox14 158 61089;1625128;4890412 9843218 1636703 CTGAGTTAGGGCACCTTCC CACCAACCCCAAGTCCAG 517776 AC096474;AC091537;M86375 oxsts5472;REP17 67394 Eln 12 q12 12 23767713 23767870 12 27013985 27014142 12 23068543 23068700 11447 rat D16Wox10 113 62410;1625128;4890412 10673333;9870869 67651 AGGCTTTGATTGCAGGAAG AAAGAGCTGTCGTCCACAAC 240553 Y00169;JH618627 R435;RATTM4;TM4;oxsts5610 3899 Tpm4 16 p14 16 17911414 17911526 16 19256504 19256616 16;16 18121277;18121278 18121390;18121390 11446 rat D16Mgh4 150 1014;1016;62410;62411;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333;7704027 34747 AAACCCTTTGTAGCCCGTG CACAACTATGCATGAACAGAAGC 119472 Y00169;JH618627 TM4;R0202-D03;oxsts8908 3899 Tpm4 16 p14 16 17911428 17911547 16 19256518 19256637 16;16 18121291;18121292 18121411;18121411 16 12.2099 16 200.5 16 213.1 11439 rat D1Mit30 182 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34715 TGTCTTGGCCTCTGATTTCA TGCTGTGTGGACGGAGATAA 120261 M26533 oxsts9007 3888 Klk1c2 1 q22 1 88761687 88761868 1;1 101048973;101048742 101049154;101049154 1;1 94473940;94473941 94474122;94474122 1 595.2 1 904.9 11444 rat D8Mgh5 128 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34748 GACTACGCCATCTAGCTCCG GGCACTCAGACCAGGGTCT 119610 M15472 oxsts9212 3898 Tpm1 8 q24 8 74055242 74055370 8 77160974 77161102 8;8 71344697;71344698 71344826;71344826 8 618.1 8 855.7 11450 rat D12Mgh12 140 1625128;4890412 34751 TGCCTGGTGGACCAGGAG ACCTCCGATACCAGGGCCCC 239829 NM_012722;BC085910;M60647;AC096474;AC091537;M86371 Rn.54384 oxsts8837;Eln 67394 Eln 12 q12 12 23760871 23761010 12 27007143 27007282 12;12 23061700;23061701 23061840;23061840 12 344.2 11454 rat D13Mgh8 267 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34744 TTGAAAAAAGATGCAGCGTG AGAGGTCGGTCCATCCATC 119298 V01272;JH617891;JH617895;CH474169 oxsts5531;D13Mgh8 3905 Trnan1 13 13 38990430 38990696 13;13;13;13;13;13;13 95682034;95682035;93939423;95701859;93939422;95752942;95701858 95682290;95682290;93939690;95702126;93939690;95753116;95702126 13;13;13;13 86915524;86935348;86915525;86935349 86915779;86935615;86915779;86935615 13 611.7 13 552.7 11455 rat D13Arb12 62410;1625128;4890412 8288230;10673333 67417 GTCTAGTTGTTAGGATTCGGCG GTTCTGTGGTACTGGGTGATGG 239639 AC115458;V01272;JH617893;JH617895 Trnegl;oxsts7675 3905 Trnan1 13 q24 13 83127023 83127326 13;13 94075909;95679354 94076216;95679654 11462 rat D18Wox7 200 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 9870869;10673333 67570 GTGGAAAGCCTTCTGTTCAA AGAATTCAATAATAACAGTCCCACT 118106 M18685 R138;RATALBA1;Ttr;oxsts5691 3916 Ttr 18 p 18 11951886 11952032 18 15314151 15314297 18;18 12406948;12406949 12407095;12407095 18 759.5 18 133.3 11461 rat D18Mit1 245 1014;1016;61040;1010;62411;62410;704362;1625128;4890412 10400928;9685318;15060019 10673333 34528 GCGGTACAGAAAGAAAGAGAGA AGAGTGTTGGCCATAAAAGACA 119333 M18685 ALBA1;R1103-B11;oxsts8946 3916 Ttr 18 p 18 11951912 11952156 18 15314027 15314271 18;18 12406975;80277473 12407219;80277631 18 6.08 18 3.6099 18 760.7 18 134.2 11456 rat D15Wox2 200 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 726692 GACGTCTATGTTGACCCTGG AATTCTCCACCTGAAGAGATATTAG 118054 M64733 oxsts5576;R437 3907 Clu 15 p12 15 39864833 39865013 15 48933409 48933589 15;15 45398245;45398246 45398426;45398426 15 293.1 15 313.2 11465 rat D5Arb10 254 62410;1625128;4890412 10673333 67744 ATGGTGAAATGTGACCCTCGCC TCAGCAATGGCTGTGGTGTTCC 240478 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D1Mit9 132 1010;1016;1014;62410;62411;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333 33661 ACCTTGTCAGCTGTGGCTCT ATAATACCCTGGTAACGCATGG 120265 CM000231;CH474059 R234;R0202-A07;oxsts9016 61797 Park2 1 q11 1 45146244 45146390 1 50204369 50204515 1;1 43840481;43840482 43840628;43840628 1 23.8 1 291.4 1 575.1 33648 rat D7Mit5 141 1014;1016;61040;62411;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;9685318;15060019 9870869;10673333 33649 TACTGTTTCTTTAACACATGCACA AGCCATATATGCATGTACACAAGG 119007 CM000237;CH473950 R1101-D04;MIT217;R217;oxsts5237 7 7 77115894 77116030 7 88393619 88393755 7;7 85089896;85089895 85090032;85090032 7 36.72 7 47.81 7 467.1 7 539.2 33662 rat D6Mit1 118 1625128;4890412 33663 TTAGGAGAGAACTGAAAGTTGTCC ATGGTGCACTATGGTGGTCA 240620 AU049679 oxsts5167;MIT238 1560347 Tex21 6 q24 6 93393857 93393984 6 108684958 108685085 6;6 98840516;98840517 98840644;98840644 33652 rat D16Mit5 184 1016;1014;61045;62411;62410;1010;704362;1625128;4890412 10400928;9132270;15060019 10673333 33653 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