# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: sslps-version-2.3.4 # GENERATED-ON: 2012/12/07 # PURPOSE: information about active Mouse sslps extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### As of Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### As of Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### As of Nov 23, 2011 v. 2.3.1: no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### As of Dec 19 2011 v. 2.3.2: no data changes; improved internal QC. ### As of May 31 2012 v. 2.3.3: no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### As of Oct 22 2012 v. 2.3.4: fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 SSLP_RGD_ID RGD_ID of the sslp #2 SPECIES species name #3 SSLP_SYMBOL sslp symbol #4 EXPECTED_SIZE sslp expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) on sslp #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) on sslp #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 CLONE_SEQ_RGD_ID RGD_ID of clone sequence #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID RGD_ID of primer sequence #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 UNIGENE_ID UniGene ID(s) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this SSLP #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this SSLP #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this SSLP #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_37 chromosome for the current reference assembly v.37 #25 START_POS_37 start position for current reference assembly v.37 #26 STOP_POS_37 stop position for current reference assembly v.37 #27 CHROMOSOME_36 chromosome for the old reference assembly v.36 #28 START_POS_36 start position for old reference assembly v.36 #29 STOP_POS_36 stop position for old reference assembly v.36 #30 MGD_ID MGD ID #31 CM_POS mouse cM map absolute position # SSLP_RGD_ID SPECIES SSLP_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID CLONE_SEQ_RGD_ID CLONE_SEQUENCE PRIMER_SEQ_RGD_ID FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE UNIGENE_ID ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_37 START_POS_37 STOP_POS_37 CHROMOSOME_36 START_POS_36 STOP_POS_36 MGD_ID CM_POS 4900422 mouse RH128628 4890412 4900423 TAGCACAAGGTTGCAATGATCC CCCTGTGGTATCCTCTTCTTCG 211936 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5;5;5;5 148086473;148085982;148086131;148086105 148086617;148086125;148086439;148086723 MGI:3512179;MGI:3529563;MGI:3574860;MGI:1354297;MGI:3606104;MGI:3052780;MGI:1931278;MGI:1204227;MGI:1204510;MGI:6556 82.0 4892944 mouse Grin1 147 4890412 4892945;4941508;4970613;5010417 ATAGTGACAATCCACCAAGAGCC;TCTGTACGGGGCCTAATGAC;TAAAGATAGTGACAATCCACCA;TCAAGAGACGTAGGTCCTCCA GTAGCTCGCCCATCATTCCGTT;AAGCCTCAAACTCCAGCAC;GGCTTGGAGAACTCTATGTACT;CTCAGCTCTCCCTATGACGG 465388;506952;531447;143260 NM_001177657;NM_001177656;NM_008169;BC039157;D10028 Mm.278672 10685 Grin1 2 A3 MGI:3513131;MGI:3723890;MGI:4411543;MGI:4837655;MGI:1205712 12.0 4892909 mouse Titf1 4890412 4892910;4912204;4965697 CCAGGACACCATGCGGAACA;TCGATGAGTCCAAAGCACACG;TTAACCACTCCCAGTCTCTT GGCCATGTTCTTGCTCACGT;TCACCAGGTCCGACCATAAAG;TGTATCTCTACAGCCTCTTG 464797;497301;226179 NM_001146198;NM_009385;AB221567;BC080868;BC057607;AC160393;U19755;CM001005;GL456161;CH466526 Mm.89972 Nkx2-1 11420 Nkx2-1 12 12;12 57690712;57683047 57690801;57684116 12;12 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AAGAAAGCTCTGCCTCTCACCA;CACAGTGGAATTTGCCGTGA;CACAGTGGAATTTGCCGTGA;CATTCAACCAGGAAAGTCAGG;GAAAGAAAGCTCTGCCTCTCAC TCCACTGTGGGAATGAAATGAAC;AAGGTAACCCCTTCACGGGAT;TGAGCTATTCTACATGATGAAACAACAGC;CAGTAAACAGGCAGGTGAAGG;CCTGACTTTCCTGGTTGAATGT 464660;525893;516589;516590;275890 NM_009979;BC048486;AB017157;Y18243;AL844519;CM000995;GL456092;CH466519;GL595192 Mm.21005 UniSTS:464660 1322271 Cst9 2 2;2 150098394;150098396 150098549;150098514 2;2 148660965;148660963 148661083;148661118 MGI:3510931;MGI:3841723;MGI:3802983;MGI:3802984;MGI:3039189 4892772 mouse Bmp2 4890412 4892773;4909653;4910322;4911813;4973944;5006573;5128522;6906937 ACACAGGGACACACCAACCAT;GTTTGTGTTTGGCTTGACGC;GGGACCCGCTGTCTTCTAGTGTTGC;TGAATCAGAACACAAGTCAGTGGG;TGTGACCAGACTATTGGACACC;CGTAGCAATTACAAAGTTATTGTGG;AAGCGTCAAGCCAAACACAAA;TCAGGAATGTTGCAGAGTGGTTG TGTGACCAGCTGTGTTCATCTTG;AGACGTCCTCAGCGAATTTG;TGAGTGCCTGCGGTACAGATCTAGCA;TGGAGCGGATGTCCTTTTCC;AGTTCAGGTGGTCAGCAAGG;CAGTGCATGGTTTAAGTTAAACTAC;GAGTTCAGGTGGTCAGCAAGG;AACAGGGTGCAGGCAGGAAACATA 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TTGAAGTGACGAATGAGAT;GGACAGTGCTCCAACCAAATG;GAACCAGCACCAAGATCCACTG;ATGGACTCTTTAGCCGGCTTA;CCACTACCTACTAGTGAAG;AAGACATACGTGAACACCACACT;CCTTCCTACCTGCTACTTTA ATTTAGAGCTGTCTGGCTT;GACGGAAATGTTGAAAGGC;CCCCACTTCTGAGCTTCACATC;CCTTATAGCCTGTCCTCGAA;ATGCCCTTCTCCACCCTCT;ACTCTAGAGTCAGAACACACTGCAGAT;CCACTACACCTTTCTTTACA 471108;463377;498487;275691;144601;144603;144602 NM_013690;BC050824;X67553;X71426;D13738;AY413993 Mm.14313 1552464 Tek 4 C5 MGI:3582161;MGI:3054432;MGI:3693726;MGI:3036679;MGI:1329002;MGI:1341986;MGI:1334605 43.6 4893514 mouse Tha1 4890412 4893515 CCCAGAGATTCGCTAAAGGACTC CACGGCCAGTCTGAGCCAC 471109 NM_027919;BC066149;AY219872;AY219871;BC055825 Mm.3200 1622271 Tha1 11 MGI:3582308 4893516 mouse Wdr55 1400 4890412 4893517 GTGTGAAGAGAGTCCTGCAGAGG GTCTTGCTGTAGTGGTCATAGAG 471110 NM_026464 Mm.271719 1551404 Wdr55 18 MGI:3582229 4893518 mouse 1700021K02Rik 4890412 4893519 TTCCGAGTCTAGTCTTTACA AGACAGCGGGATAAGAATGT 471171 NM_001017441;NM_001017419;NM_001017433;AF521592;AF521591 Mm.30227 Tbata 1322499 Tbata 10 MGI:3583214 4893533 mouse Scye1 4890412 4893534 CGGAATTCGACTCCAAGCCTATCGACGACGAT CCGCTCGAGTTATTTGATTCCACTGTTGGA 471179 Aimp1 1553720 Aimp1 3 MGI:3582860 4893537 mouse Sycp3 4890412 4893538;4912194;4939426 GGTGGAAGAAAGCATTCTGG;CCAATCAGCAGAGAGCTTGG;ACAACAAGAGGAAATACAGAA CAGCTCCAAATTTTTCCAGC;AGCTGTCGCTGTCCCCACAC;GAGAGAACAACTATTAAAACA 471180;497294;461899 NM_011517;BC138509;BC132079;BC099552;BC048483;Y08485;AC165357;AC125486;AF181473;CM001003;GL456156;CH466539 Mm.297977 UniSTS:497294 11368 Sycp3 10 10 90439306 90439404 10 87922343 87922441 MGI:3583136;MGI:3665565;MGI:3047283 4893595 mouse Wnt9b 658 4890412 4893596;4912243;4942151;4943466;4943468;4966578;4966968;4978289 AAGTACAGCACCAAGTTCCTCAGC;TGCTCACCTGAAGCAGTGTGA;TGTGTGTGGTGACAATCTGAA;TCTAATAGCAGAGCGCTCTGG;CTTCGTGCACTGGAGACTTC;TCCCCCGGGCTGACCGGTCGTGAGTCC;CATGGAGCGCTGTACTTGTGAC;TCCCTCCCTTCTCCATTCTT 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