# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: sslps-version-2.4.1 # GENERATED-ON: 2014/10/17 # PURPOSE: information about active Mouse sslps extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### As of Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### As of Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### As of Nov 23, 2011 v. 2.3.1: no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### As of Dec 19 2011 v. 2.3.2: no data changes; improved internal QC. ### As of May 31 2012 v. 2.3.3: no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### As of Oct 22 2012 v. 2.3.4: fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). ### As of Nov 20 2012 v. 2.4: rat: positions on assembly map 3.1 are no longer exported; instead position on assembly 5.0 are exported. ### As of Dec 26 2013 v. 2.4.1: no data changes; improved internal QC. # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 SSLP_RGD_ID RGD_ID of the sslp #2 SPECIES species name #3 SSLP_SYMBOL sslp symbol #4 EXPECTED_SIZE sslp expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) on sslp #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) on sslp #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 CLONE_SEQ_RGD_ID RGD_ID of clone sequence #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID RGD_ID of primer sequence #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 UNIGENE_ID UniGene ID(s) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this SSLP #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this SSLP #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this SSLP #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_37 chromosome for the current reference assembly v.37 #25 START_POS_37 start position for current reference assembly v.37 #26 STOP_POS_37 stop position for current reference assembly v.37 #27 CHROMOSOME_36 chromosome for the old reference assembly v.36 #28 START_POS_36 start position for old reference assembly v.36 #29 STOP_POS_36 stop position for old reference assembly v.36 #30 MGD_ID MGD ID #31 CM_POS mouse cM map absolute position # SSLP_RGD_ID SPECIES SSLP_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID CLONE_SEQ_RGD_ID CLONE_SEQUENCE PRIMER_SEQ_RGD_ID FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE UNIGENE_ID ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_37 START_POS_37 STOP_POS_37 CHROMOSOME_36 START_POS_36 STOP_POS_36 MGD_ID CM_POS 4900415 mouse RH128601 4890412 4900416 TGCAGATGACCTCAGACACAGA AGCATGGACTCTGAAAGCACTG 211909 AC157659;AC142191;AF296665;CM000999;GL456132;CH466523 6 6;6 130841455;130840953 130841648;130841147 6 129079555 129079747 4900424 mouse RH128654 192 4890412 4900425 AACTCAGGTCCCAGCAAACAA AAGCTGTGAGGTTCTAAGAGGTCTG 211962 NM_028922;BC052412;BC051510;AC113961;GL592457 Mm.473186;Mm.441887 1621485 Ppapdc2 19 C1 19 29741688 29741879 19 29040940 29041131 4900418 mouse RH128626 222 4890412 4900419 AGAGGCAACAAGACCCTCCAC ATGCCTGGCTTCCTGATTCTAC 211934 NM_009694;FI111208;BC027530;AF161699;AC165291;AC166164;GA019019;GL590048 Mm.281793 1318671 Apobec2 17 C 13;17 66857136;51850781 66857357;51851002 17 48558689 48558910 24.0 4900420 mouse RH128612 231 4890412 4900421 AACTGCATTTAGCGTCAAGATCA CCAGCGTGTTCTGAGGTCTTT 211920 NM_011045;ER894059;BC086879;BC005778;AC121967;AL807793;X57799;X57800 Mm.7141;Mm.428762;Mm.391640 732095 Pcna 19 A 2;19 133472519;10365217 133472749;10365448 2;19 132075070;9358706 132075300;9358937 5.0 4900430 mouse RH128681 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4890412 4900447 TTAATCCCAACAATGAGGAGGC AGATTGTCAAACTTGGCAGCAA 212085 CT030637;GL589884 1618371 1700011H14Rik 14 C1 14 45437717 45437900 14 49853661 49853844 4900448 mouse RH128771 181 4890412 4900449 CATTGCCTGGAGTCTGTGACTT CATGGGCATCAAAGCTTCCT 212079 NM_001083884;NM_027339;BC026828;AL663107 Mm.24119 1315993 Lypd8 11 B1.3 11 63147172 63147352 11 58203814 58203994 4900440 mouse RH128738 156 4890412 4900441 TCAGCACATTTATTGACAGCCC ACCTGCACAGGTGAGAGCCT 212046 AY352519;AY081953;BC044789;AC084109;NM_177574;NM_001199677;GL591316 Mm.44356;Mm.409080 1619032 Vps37d 5 G2 5 132083242 132083397 5 135548783 135548938 4900442 mouse RH128722 202 4890412 4900443 GGGTAGCAACGCTTTATTAGGCT CTGAGACTGCTCACACATCAGC 212030 NM_001115132;BC003900;AC137513;AC113976;NM_001271601;NM_001271600;GL590652 Mm.353272;Mm.143167 1619218 Ncaph2 15 E3 15 91500518 91500719 15 89201808 89202009 49.9 4900450 mouse RH128814 184 4890412 4900451 TGGAGGACAATGATCAAGGCTA TGAGTGCCTTTGAGTCACATACG 212122 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1558570 Rabgap1l 1 MGI:3530111;MGI:3530116 4893320 mouse Raf1 348 4890412 5683358 AACCCGTTCAGCTTCCAGTC CGTGCAAGCATTGATGTCCTC 536493 NM_029780;BC092040;AB057663;BC015273;AB052739;AC160032;AC129013;GL596536 Mm.184163 UniSTS:469819 11215 Raf1 6 C3 6;6 117458818;117474674 117459338;117475201 6;6 115584570;115568713 115585097;115569233 MGI:5285976 52.5 4893141 mouse Tgm2 232 4890412 NM_009373;BC016492;AF114266;AF076928;AL669824 Mm.330731 UniSTS:496703;UniSTS:466074 732488 Tgm2 2 H1 2 164073712 164074359 2 157954449 157955095 89.0 4893237 mouse Nrg2 384 4890412 4893238 TCAACAAAGTGAAGGTGGAGG GCCTCCTTTAATTCAAATCCA 468011 XM_001475357;XM_001475336;XM_001478024;XM_001478011 Mm.380390 1612360 Nrg2 18 B2 MGI:3529003 11.0 4893165 mouse Smad2 145 4890412 4893166 CCCACTCCATTCCAGAAAAC GAGCCTGTGTCCATACTTTG 466570 NM_010754;BC089184;AY334552;BC021342;AF005743;U60530;AY410552;NM_001252481 Mm.152699 736957 Smad2 18 E3 MGI:3527807 48.0 4893167 mouse Smad3 574 4890412 4893168 GTTGGACGAGCTGGAGAAG 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Rps6ka2 17 F4 MGI:5296795;MGI:3723979 7.6 4893345 mouse Vegfc 209 4890412 4893346 CTGTGAGGACAGATGTCCTTTTC GGTAGTGGGCAACAGTGACAG 470546 NM_010216;BC080770;D89628;X99572;AL732475;GL589420 Mm.297978 UniSTS:470546 732215 Vegfc X F5 X 147617459 147617609 X 160839939 160840147 MGI:3577306 4893294 mouse 1500005K14Rik 4890412 469787;469788 AL645569;NM_029658;CM001004;GL456158;CH466596;GL589489 Mm.474408;Mm.34131 Fam101b;UniSTS:469787;UniSTS:469788 1615023 Fam101b 11 11;11 83536967;83530898 83537239;83531124 11;11 75841336;75835265 75841608;75835491 MGI:3575293;MGI:3575294 4893347 mouse Adh7 698 4890412 4939490 GCTGTGGAGTATTGGCTGAT AGGCAAGGTGTGGGTTATC 461947 NM_009626;BC047267;AF331803;AF331802;U20257;AY420764 Mm.8473 732808 Adh7 3 G3 MGI:3050482 71.2 4893283 mouse Flna 223 4890412 4893284 CCTAAGTTGGCACCTGTGCC GACATGCTCTGCCACCAAAT 468834 NM_010227;BC099506;BC096663;AK131179;BC054432;BC039208;BC004061;AF119149;AC091473;AL807376;GL599056 Mm.473863;Mm.295533 UniSTS:468834 1558370 Flna X A7.3 X 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4890412 5134375 TCTGTCTGTCTGTCTGGATGATG CCCATTGTCACAGCAGAAAGG 532446 BC032883;BC030346;AC124430;X15643;NM_007420;GL591721 Mm.5598;Mm.417445 UniSTS:471069 10109 Adrb2 18 E1 18 63463029 63463195 18;18 62338103;62338098 62338217;62338478 MGI:4947094 34.0 4893481 mouse Ndufa2 498 4890412 4893482 GGTGATTGGGCGCTCCTTTGC CTACTTTGCCTCAGTGTTGCGC 471092 NM_010885 Mm.29867 1320646 Ndufa2 18 B2 MGI:3582231 4893477 mouse Dnd1 396 4890412 4893478 CGAGCTGACGGTGGACGGGCTGCC CTGCCTAGCTTCATCCGTTGAC 471090 NM_173383;AY321066;BC034897;AC027740;AC087772;GL590105 Mm.234464 UniSTS:479099;UniSTS:471090 1321749 Dnd1 18 B2 18 37216347 37217350 18 36923937 36924940 MGI:3582163 20.0 4893508 mouse Sox5 610 4890412 4942004 AACAAGCACAGATCCCATC TGACGGGTGAGACTTCAGTG 507239 CU207379 Mm.1752 1615159 Sox5 6 G3 6 146885716 146886325 6 143781475 143782084 MGI:3723851;MGI:4411041 69.5 4893510 mouse Sox7 703 4890412 5683414 GGGGACAAGAGTTCGGAAAGCC GGGGGACATCCAGAAACAGAGG 536550 BC145925;BC131936;AB023419 Mm.42162 1320708 Sox7 14 C3 MGI:5288035 4893506 mouse Sox2 184 4890412 4970893 CTCTGCACATGAAGGAGCAC CTCCTGGGAAGCGTGTACTTA 532256 NM_011443;BC118032;AB221649;BC057574;AB108673;U31967;AL606746;X94127;CM000996;GL456097;CH466530 Mm.65396;Mm.469324 UniSTS:474706;UniSTS:471104 1558014 Sox2 3 A2-B 3;3;3;3;3;3 34552499;34553820;34552124;34552314;34553731;34552634 34552910;34554003;34553083;34552517;34554061;34552764 3;3;3;3;3;3 34551034;34549528;34549338;34549848;34550945;34549713 34551217;34549731;34550297;34549978;34551275;34550124 MGI:4887371 15.0 4893529 mouse Spert 565 4890412 4893530 CCAACTAAGCAGTCGACTGA GCCTAAAGTGACCTTGTGCT 471178 NM_001164141;AY092416 Mm.23361 1621535 Spert 14 D3 MGI:3583218 4893524 mouse Dbil5 327 4890412 4893525 AATGAGCCAAGTGGAGTTTG AATCTTAAACCCGTCCCCTA 471173 NM_021294;ER986271;ER884124;BC048474;AL591129;AF229807;GL589489 Mm.347413 UniSTS:471173 68513 Dbil5 11 B5 11 83730949 83731275 11 76031773 76032099 MGI:3583219 4893526 mouse Nkd1 1296 4890412 NM_001163660;NM_027280;BC034838;AF358134 Mm.30219 1318290 Nkd1 8 C4 4893539 mouse Pou3f3 643 4890412 4893540 GGGCAGAAGTCAAGGGAAGTG TGGCGTCGTCGGTGGAGAACA 471183 NM_008900;BC079869;AC133952;AC122898 Mm.440553;Mm.489878 UniSTS:471183 1552994 Pou3f3 1 B 1 43038079 43038721 1 42756002 42756644 MGI:3583712 22.2 4893531 mouse Nkd2 617 4890412 4970938 CCTAGCACCCAAACAAGCAC TGATCCTTCTCATCCCAACC 532284 NM_028186;CT030152;GL592435 Mm.45506 NoName 1322931 Nkd2 13 C1 13 76149678 76150294 MGI:4888333 4893324 mouse Sos1 322 4890412 4893325 CTAAGCTGGGATAGTTTCCTAGC CTGTCAACATATGGGCTTGTTG 469822 NM_009231;Z11574;AC161447;AY902349;GL589543 Mm.360004 UniSTS:469822 1322141 Sos1 17 E3 17 84716117 84716438 17 80797193 80797514 MGI:3576756 44.0 4893322 mouse Rps6ka1 396 4890412 4893323 CAGTGCAGACGAACTCCTCAGAGGC TCTGAGAGGCGACACTGGACCTGC 469820 BC094470;M28489 Mm.301827 UniSTS:469820 732452 Rps6ka1 4 D3 4 132019243 132019638 MGI:3576765 4893333 mouse Lims1 488 4890412 4893334 TCAAGAATGCTGGCAGACAC ACACCAGGCCTTGTTGAGAG 470540 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133555394;48580234 16 48218949 48219413 MGI:3579775 48.0 4893703 mouse Prkcz 223 4890412 4941901 CCCGTTTCCTGTCTGTCAAG ATTCCTCAGGGCATTACACG 507178 NM_001039079;NM_008860;BC072590;BC057694;AB110830;M94632;AC139063;AC074313 Mm.28561 UniSTS:472840;Pkcz 736362 Prkcz 7 A3 7 22465230 22465888 7 28667440 28668098 MGI:3723958;MGI:4411189 83.0 4893421 mouse Egfl7 828 4890412 4893422 CCACAAAAAGAAGAAGGCTACCC TCCAAGAAGGACCCTGCTCACTC 470959 NM_001164564;NM_198724;NM_178444;AY239290;AY239289;AY309459;BC024610;AF184973 Mm.268933 1332497 Egfl7 2 B MGI:3580172 4893450 mouse Foxi3 580 4890412 4893451 GGAAGGGTAATTACTGGACTC ATGAGGCTGTTGACCATGCTG 471074 NM_001101464;AC155842;AY416177;GL591589 Mm.297656 1608238 Foxi3 6 C1 6 73038879 73039458 6 70910450 70911029 MGI:3580794 4893454 mouse Slc32a1 980 4890412 4941987 ACTGCGACGATCTCGACTTT ATCCGTGATGACTTCCTTGG 507228 NM_009508;AY578289;BC052020;AJ001598 Mm.413854 1553492 Slc32a1 2 H1-3 MGI:3723972;MGI:4410926 4893468 mouse Masp2 668 4890412 4893469 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