# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: markers build 2025-01-24 # GENERATED-ON: 2025/02/07 # PURPOSE: information about active Rat markers extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### Nov 23, 2011 no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### Oct 22 2012 fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). ### Nov 20 2012 rat: positions on assembly map 3.1 are no longer exported; instead position on assembly 5.0 are exported. ### Sep 8 2014 rat: available positions on assembly Rnor_6.0. ### Oct 29 2018 discontinued columns #8 CLONE_SEQ_RGD_ID and #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID. Column #8 now shows marker type. ### Nov 1 2018 renamed columns SSLP_RGD_ID => MARKER_RGD_ID, SSLP_SYMBOL => MARKER_SYMBOL, SSLP_TYPE => MARKER_TYPE. ### Jun 17 2019 data sorted by RGD ID; files exported into species specific directories ### Jan 19 2021 discontinued column 15 with UniGene IDs ### Apr 30 2021 added export of positions for new rat assembly mRatBN7.2 ### Jan 24 2025 added export of positions for new rat assembly GRCr8 # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 MARKER_RGD_ID RGD_ID of the marker #2 SPECIES species name #3 MARKER_SYMBOL marker symbol #4 EXPECTED_SIZE marker expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) about marker #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) about marker #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 MARKER_TYPE marker type, if available #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 (UNUSED) #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 (UNUSED) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this marker #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this marker #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this marker #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_5.0 chromosome for Rnor_5.0 assembly #25 START_POS_5.0 start position for Rnor_5.0 assembly #26 STOP_POS_5.0 stop position for Rnor_5.0 assembly #27 CHROMOSOME_3.4 chromosome for RGSC_v3.4 assembly #28 START_POS_3.4 start position for RGSC_v3.4 assembly #29 STOP_POS_3.4 stop position for RGSC_v3.4 assembly #30 (UNUSED) #31 (UNUSED) #32 CHR_FHHxACI chromosome for FHH x ACI map #33 POS_FHHxACI absolute position (cM) on FHH x ACI map #34 CHR_SHRSPxBN chromosome for SHRSP x BN map #35 POS_SHRSPxBN absolute position (cM) on SHRSP x BN map #36 CHR_RH_2.0 chromosome for RH 2.0 map #37 POS_RH_2.0 absolute position (cR) on RH 2.0 map #38 CHR_RH_3.4 chromosome for RH 3.4 map #39 POS_RH_3.4 absolute position (cR) on RH 3.4 map #40 CHROMOSOME_6.0 chromosome for Rnor_6.0 assembly #41 START_POS_6.0 start position for Rnor_6.0 assembly #42 STOP_POS_6.0 stop position for Rnor_6.0 assembly #43 CHROMOSOME_7.2 chromosome for mRatBN7.2 assembly #44 START_POS_7.2 start position for mRatBN7.2 assembly #45 STOP_POS_7.2 stop position for mRatBN7.2 assembly #46 CHROMOSOME_8 chromosome for GRCr8 assembly #47 START_POS_8 start position for GRCr8 assembly #48 STOP_POS_8 stop position for GRCr8 assembly # MARKER_RGD_ID SPECIES MARKER_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID MARKER_TYPE CLONE_SEQUENCE (UNUSED) FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE (UNUSED) ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_5.0 START_POS_5.0 STOP_POS_5.0 CHROMOSOME_3.4 START_POS_3.4 STOP_POS_3.4 (UNUSED) (UNUSED) CHR_FHHxACI POS_FHHxACI CHR_SHRSPxBN POS_SHRSPxBN CHR_RH_2.0 POS_RH_2.0 CHR_RH_3.4 POS_RH_3.4 CHROMOSOME_6.0 START_POS_6.0 STOP_POS_6.0 CHROMOSOME_7.2 START_POS_7.2 STOP_POS_7.2 CHROMOSOME_8 START_POS_8 STOP_POS_8 10048 rat D4Mit20 239 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 GTATCCATTGCCCATAGCCT AAATCAGTTGGCTTGGAAAA M22670;JH614796;JH614798 oxsts5049 2004 A2m 4 q42 4;4 143736074;143734692 143736296;143736296 4;4 221510881;221397827 221511103;221398049 4;4 158108304;158108305 158108528;158108527 4 1012.9 4 997.54 4;4 154314020;154427762 154314242;154427984 4 154902669 154902892 10049 rat D4Wox16 143 704362;1625128;4890412 15060019 TCACGTGTGTTCTCAAGATCC TCATCGCCATGTTCAACTATTG M23567;JH614796;JH614798 oxsts4973;R76 2004 A2m 4 q42 4 143728315 143728457 4;4 221504407;221391353 221504549;221391495 4;4 158101830;158101831 158101973;158101973 4 997.91 4;4 154421288;154307546 154421430;154307688 4 154896195 154896338 4 156568282 156568425 10054 rat D8Wox10 139 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 9149940;8528248;10673333 GGTATGAGATCAATGCTGCC GGTGCATTTGGACATTTGTAG D90058 R46;Pkata;RATPKATA2;oxsts5255 67379 Acaa1a 8 q32 8 118235992 118236130 8 127239673 127239811 8;8 124310080;124310081 124310219;124310219 8 1012.2 8 1312.6 8 128032912 128033050 8 119084790 119084929 8 127962512 127962651 10055 rat D8Arb22 332 62410;1625128;4890412 9780220;10673333 CAGCATACTCTTCTCTGACTGG CCCGCAATAACAAAAGCCAAGC D90058 oxsts7961 67379 Acaa1a 8 q32 8 118235917 118236248 8 127239598 127239929 8 124310006 124310337 8 128032837 128033168 8 119084715 119085047 10062 rat D10Wox19 230 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 GAAGACAAAAACTCCCTCCTCG CGCAAACGTCACAAGTATTGGC J05210;NM_016987;NM_001111095;FQ218829;BC100618;AH011205 oxsts5371;CLATP 2018 Acly 10 q32.1 10 84130040 84130269 10 88186136 88186365 10;10 89421575;89421575 89421804;89421804 10 966.3 10 857.8 10 88392889 88393118 10 85412685 85412915 10074 rat D8Wox15 165 1625128;4890412 ACTCCAATGCCTGCGATG CACTCAGTGTGCCAATAAGTTTT X74978 oxsts5260;REP21 2023 Acp3 8 q32 8 104282671 104282821 8 112233298 112233462 8 109362917 109363081 8 112847165 112847329 8 104917506 104917671 8 113796300 113796465 10075 rat D7Mgh2 124 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333;7704027 AAACCCAGTGAGCCCCTC CAGAAGTCCAGAAAGCAGTTCC X58550 Acr;ACROS;oxsts5226 2024 Acr 7 7 706.2 7 956.8 10089 rat D2Mco31 245 62407;1625128;4890412 7873882 CCAACAAATGTGCTGTCCTTCG AACCTGCATTTTCCTGACCTCG oxsts8239 2044 Adh1c 2 q44 10095 rat D10Wox8 263 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 TCAGATTCTGCTTGTTTGGTA GATATCTTAGTTCCCCCTTGC L08609;L28752 oxsts5360;ADRA1B 2054 Adra1b 10 q21 10 367.3 10 298.61 10097 rat D1Smu2 129 1625128;4890412 CTTCTAAGCCAAAACAGTTC CAACCCCCTCAAGTCATCTC FT148549;U62754 oxsts4783;ADRAF2 2056 Adra2a 1 1 248764527 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79694414 10104 rat D1Arb28 77 62410;1625128;4890412 8812459;10673333 AACTCTTCCAGCAGCGACCC TTCTCCTCCGTAGCCAAGCC D00634 oxsts7768 2059 Adrb1 1 q55 10105 rat D1Smu1 169 1625128;4890412 GTTTGCGGCCCTGTTCCATC TGCCCACATAAATAGACGCT U62755 oxsts4782;ADRB1 2059 Adrb1 1 q55 1 251483273 251483441 1 284930993 284931161 1 263038775 263038943 1 277550706 277550874 1 255785337 255785506 10107 rat D18Wox10 108 1625128;4890412 TAGGTTTTTAAGCTGCAAGTGAG CTGTACAAGGAAAACATTAAGCAC J03024;L39264 oxsts5694;R30 2060 Adrb2 18 q12.1 18 57913101 57913209 10108 rat D18Mgh11 341 62410;704362;1625128;4890412 15060019 9870869;10673333 GATTTTGCAGAAGGGGCAC CACAGGATATTTCAAGTCCAAGG NM_012492;BC086538;J03024;GQ160814;L39264 SB2AR;oxsts8939 2060 Adrb2 18 q12.1 18 53789997 53790337 18 56740139 56740479 18;18 58175106;58175107 58175447;58175447 18 542.0 18 57513941 57514281 18 55642607 55642948 18 57912908 57913249 10113 rat D14Mit2 186 1014;62410;62411;704362;1625128;4890412 15060019 10673333 TGCTCCTCTTGGCTTAGGTG CGCAAGGCTAAATGTCTGGT M18351;X68548 R1102-D09;AFPGA;oxsts8891 2065 Afp 14 p21 14 19.55 14 6.9 14 226.99 14 19161705 19161893 14 17593575 17593761 14 17877742 17877928 10114 rat D14Wox8 143 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333 AAGCATAGCAGTGAATTGGTG TTCATCATCCTTTCATAAAGGC M18351;X68548 R43;Afp;RATAFPGA;oxsts5544 2065 Afp 14 p21 14 212.6 14 224.4 14 17877762 17877905 10115 rat D14Wox9 461 62410;704362;1625128;4890412 15060019 10673333 CCAATGAGTAGGGATGAGAGG AGATTGCAAGGGAAATCAGAC M18351 R42;oxsts5545 2065 Afp 14 p21 14 16959190 16959641 14 218.8 14 17876955 17877416 10119 rat D17Arb4 244 1014;62410;62411;1625128;4890412 8786096;10673333 TGAGGTCTCATTTGGAAGTTGG TTTTGTTAGGGGCAATACAGGG M86911 R0270-B11;oxsts7732 2070 Agtr1a 17 q12 17;17 37268920;37268920 37269161;37269463 17;17 40683663;40683664 40683905;40683905 17 26.9699 17;17 35956457;35956457 35957000;35956698 17;17;17 34225566;34225481;34225481 34225727;34225872;34225727 17 34434111 34434355 10121 rat D2Mco34 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