# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: sslps-version-2.4.1 # GENERATED-ON: 2014/10/17 # PURPOSE: information about active Mouse sslps extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### As of Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### As of Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### As of Nov 23, 2011 v. 2.3.1: no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### As of Dec 19 2011 v. 2.3.2: no data changes; improved internal QC. ### As of May 31 2012 v. 2.3.3: no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### As of Oct 22 2012 v. 2.3.4: fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). ### As of Nov 20 2012 v. 2.4: rat: positions on assembly map 3.1 are no longer exported; instead position on assembly 5.0 are exported. ### As of Dec 26 2013 v. 2.4.1: no data changes; improved internal QC. # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 SSLP_RGD_ID RGD_ID of the sslp #2 SPECIES species name #3 SSLP_SYMBOL sslp symbol #4 EXPECTED_SIZE sslp expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) on sslp #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) on sslp #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 CLONE_SEQ_RGD_ID RGD_ID of clone sequence #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID RGD_ID of primer sequence #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 UNIGENE_ID UniGene ID(s) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this SSLP #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this SSLP #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this SSLP #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_37 chromosome for the current reference assembly v.37 #25 START_POS_37 start position for current reference assembly v.37 #26 STOP_POS_37 stop position for current reference assembly v.37 #27 CHROMOSOME_36 chromosome for the old reference assembly v.36 #28 START_POS_36 start position for old reference assembly v.36 #29 STOP_POS_36 stop position for old reference assembly v.36 #30 MGD_ID MGD ID #31 CM_POS mouse cM map absolute position # SSLP_RGD_ID SPECIES SSLP_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID CLONE_SEQ_RGD_ID CLONE_SEQUENCE PRIMER_SEQ_RGD_ID FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE UNIGENE_ID ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_37 START_POS_37 STOP_POS_37 CHROMOSOME_36 START_POS_36 STOP_POS_36 MGD_ID CM_POS 4900415 mouse RH128601 4890412 4900416 TGCAGATGACCTCAGACACAGA AGCATGGACTCTGAAAGCACTG 211909 AC157659;AC142191;AF296665;CM000999;GL456132;CH466523 6 6;6 130841455;130840953 130841648;130841147 6 129079555 129079747 4900424 mouse RH128654 192 4890412 4900425 AACTCAGGTCCCAGCAAACAA AAGCTGTGAGGTTCTAAGAGGTCTG 211962 NM_028922;BC052412;BC051510;AC113961;GL592457 Mm.473186;Mm.441887 1621485 Ppapdc2 19 C1 19 29741688 29741879 19 29040940 29041131 4900418 mouse RH128626 222 4890412 4900419 AGAGGCAACAAGACCCTCCAC ATGCCTGGCTTCCTGATTCTAC 211934 NM_009694;FI111208;BC027530;AF161699;AC165291;AC166164;GA019019;GL590048 Mm.281793 1318671 Apobec2 17 C 13;17 66857136;51850781 66857357;51851002 17 48558689 48558910 24.0 4900420 mouse RH128612 231 4890412 4900421 AACTGCATTTAGCGTCAAGATCA CCAGCGTGTTCTGAGGTCTTT 211920 NM_011045;ER894059;BC086879;BC005778;AC121967;AL807793;X57799;X57800 Mm.7141;Mm.428762;Mm.391640 732095 Pcna 19 A 2;19 133472519;10365217 133472749;10365448 2;19 132075070;9358706 132075300;9358937 5.0 4900430 mouse RH128681 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4890412 4900447 TTAATCCCAACAATGAGGAGGC AGATTGTCAAACTTGGCAGCAA 212085 CT030637;GL589884 1618371 1700011H14Rik 14 C1 14 45437717 45437900 14 49853661 49853844 4900448 mouse RH128771 181 4890412 4900449 CATTGCCTGGAGTCTGTGACTT CATGGGCATCAAAGCTTCCT 212079 NM_001083884;NM_027339;BC026828;AL663107 Mm.24119 1315993 Lypd8 11 B1.3 11 63147172 63147352 11 58203814 58203994 4900440 mouse RH128738 156 4890412 4900441 TCAGCACATTTATTGACAGCCC ACCTGCACAGGTGAGAGCCT 212046 AY352519;AY081953;BC044789;AC084109;NM_177574;NM_001199677;GL591316 Mm.44356;Mm.409080 1619032 Vps37d 5 G2 5 132083242 132083397 5 135548783 135548938 4900442 mouse RH128722 202 4890412 4900443 GGGTAGCAACGCTTTATTAGGCT CTGAGACTGCTCACACATCAGC 212030 NM_001115132;BC003900;AC137513;AC113976;NM_001271601;NM_001271600;GL590652 Mm.353272;Mm.143167 1619218 Ncaph2 15 E3 15 91500518 91500719 15 89201808 89202009 49.9 4900450 mouse RH128814 184 4890412 4900451 TGGAGGACAATGATCAAGGCTA TGAGTGCCTTTGAGTCACATACG 212122 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1558570 Rabgap1l 1 MGI:3530111;MGI:3530116 4893320 mouse Raf1 348 4890412 5683358 AACCCGTTCAGCTTCCAGTC CGTGCAAGCATTGATGTCCTC 536493 NM_029780;BC092040;AB057663;BC015273;AB052739;AC160032;AC129013;GL596536 Mm.184163 UniSTS:469819 11215 Raf1 6 C3 6;6 117458818;117474674 117459338;117475201 6;6 115584570;115568713 115585097;115569233 MGI:5285976 52.5 4893141 mouse Tgm2 232 4890412 NM_009373;BC016492;AF114266;AF076928;AL669824 Mm.330731 UniSTS:496703;UniSTS:466074 732488 Tgm2 2 H1 2 164073712 164074359 2 157954449 157955095 89.0 4893237 mouse Nrg2 384 4890412 4893238 TCAACAAAGTGAAGGTGGAGG GCCTCCTTTAATTCAAATCCA 468011 XM_001475357;XM_001475336;XM_001478024;XM_001478011 Mm.380390 1612360 Nrg2 18 B2 MGI:3529003 11.0 4893165 mouse Smad2 145 4890412 4893166 CCCACTCCATTCCAGAAAAC GAGCCTGTGTCCATACTTTG 466570 NM_010754;BC089184;AY334552;BC021342;AF005743;U60530;AY410552;NM_001252481 Mm.152699 736957 Smad2 18 E3 MGI:3527807 48.0 4893167 mouse Smad3 574 4890412 4893168 GTTGGACGAGCTGGAGAAG 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Rps6ka2 17 F4 MGI:5296795;MGI:3723979 7.6 4893345 mouse Vegfc 209 4890412 4893346 CTGTGAGGACAGATGTCCTTTTC GGTAGTGGGCAACAGTGACAG 470546 NM_010216;BC080770;D89628;X99572;AL732475;GL589420 Mm.297978 UniSTS:470546 732215 Vegfc X F5 X 147617459 147617609 X 160839939 160840147 MGI:3577306 4893294 mouse 1500005K14Rik 4890412 469787;469788 AL645569;NM_029658;CM001004;GL456158;CH466596;GL589489 Mm.474408;Mm.34131 Fam101b;UniSTS:469787;UniSTS:469788 1615023 Fam101b 11 11;11 83536967;83530898 83537239;83531124 11;11 75841336;75835265 75841608;75835491 MGI:3575293;MGI:3575294 4893347 mouse Adh7 698 4890412 4939490 GCTGTGGAGTATTGGCTGAT AGGCAAGGTGTGGGTTATC 461947 NM_009626;BC047267;AF331803;AF331802;U20257;AY420764 Mm.8473 732808 Adh7 3 G3 MGI:3050482 71.2 4893283 mouse Flna 223 4890412 4893284 CCTAAGTTGGCACCTGTGCC GACATGCTCTGCCACCAAAT 468834 NM_010227;BC099506;BC096663;AK131179;BC054432;BC039208;BC004061;AF119149;AC091473;AL807376;GL599056 Mm.473863;Mm.295533 UniSTS:468834 1558370 Flna X A7.3 X 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4890412 5134375 TCTGTCTGTCTGTCTGGATGATG CCCATTGTCACAGCAGAAAGG 532446 BC032883;BC030346;AC124430;X15643;NM_007420;GL591721 Mm.5598;Mm.417445 UniSTS:471069 10109 Adrb2 18 E1 18 63463029 63463195 18;18 62338103;62338098 62338217;62338478 MGI:4947094 34.0 4893481 mouse Ndufa2 498 4890412 4893482 GGTGATTGGGCGCTCCTTTGC CTACTTTGCCTCAGTGTTGCGC 471092 NM_010885 Mm.29867 1320646 Ndufa2 18 B2 MGI:3582231 4893477 mouse Dnd1 396 4890412 4893478 CGAGCTGACGGTGGACGGGCTGCC CTGCCTAGCTTCATCCGTTGAC 471090 NM_173383;AY321066;BC034897;AC027740;AC087772;GL590105 Mm.234464 UniSTS:479099;UniSTS:471090 1321749 Dnd1 18 B2 18 37216347 37217350 18 36923937 36924940 MGI:3582163 20.0 4893508 mouse Sox5 610 4890412 4942004 AACAAGCACAGATCCCATC TGACGGGTGAGACTTCAGTG 507239 CU207379 Mm.1752 1615159 Sox5 6 G3 6 146885716 146886325 6 143781475 143782084 MGI:3723851;MGI:4411041 69.5 4893510 mouse Sox7 703 4890412 5683414 GGGGACAAGAGTTCGGAAAGCC GGGGGACATCCAGAAACAGAGG 536550 BC145925;BC131936;AB023419 Mm.42162 1320708 Sox7 14 C3 MGI:5288035 4893506 mouse Sox2 184 4890412 4970893 CTCTGCACATGAAGGAGCAC CTCCTGGGAAGCGTGTACTTA 532256 NM_011443;BC118032;AB221649;BC057574;AB108673;U31967;AL606746;X94127;CM000996;GL456097;CH466530 Mm.65396;Mm.469324 UniSTS:474706;UniSTS:471104 1558014 Sox2 3 A2-B 3;3;3;3;3;3 34552499;34553820;34552124;34552314;34553731;34552634 34552910;34554003;34553083;34552517;34554061;34552764 3;3;3;3;3;3 34551034;34549528;34549338;34549848;34550945;34549713 34551217;34549731;34550297;34549978;34551275;34550124 MGI:4887371 15.0 4893529 mouse Spert 565 4890412 4893530 CCAACTAAGCAGTCGACTGA GCCTAAAGTGACCTTGTGCT 471178 NM_001164141;AY092416 Mm.23361 1621535 Spert 14 D3 MGI:3583218 4893524 mouse Dbil5 327 4890412 4893525 AATGAGCCAAGTGGAGTTTG AATCTTAAACCCGTCCCCTA 471173 NM_021294;ER986271;ER884124;BC048474;AL591129;AF229807;GL589489 Mm.347413 UniSTS:471173 68513 Dbil5 11 B5 11 83730949 83731275 11 76031773 76032099 MGI:3583219 4893526 mouse Nkd1 1296 4890412 NM_001163660;NM_027280;BC034838;AF358134 Mm.30219 1318290 Nkd1 8 C4 4893539 mouse Pou3f3 643 4890412 4893540 GGGCAGAAGTCAAGGGAAGTG TGGCGTCGTCGGTGGAGAACA 471183 NM_008900;BC079869;AC133952;AC122898 Mm.440553;Mm.489878 UniSTS:471183 1552994 Pou3f3 1 B 1 43038079 43038721 1 42756002 42756644 MGI:3583712 22.2 4893531 mouse Nkd2 617 4890412 4970938 CCTAGCACCCAAACAAGCAC TGATCCTTCTCATCCCAACC 532284 NM_028186;CT030152;GL592435 Mm.45506 NoName 1322931 Nkd2 13 C1 13 76149678 76150294 MGI:4888333 4893324 mouse Sos1 322 4890412 4893325 CTAAGCTGGGATAGTTTCCTAGC CTGTCAACATATGGGCTTGTTG 469822 NM_009231;Z11574;AC161447;AY902349;GL589543 Mm.360004 UniSTS:469822 1322141 Sos1 17 E3 17 84716117 84716438 17 80797193 80797514 MGI:3576756 44.0 4893322 mouse Rps6ka1 396 4890412 4893323 CAGTGCAGACGAACTCCTCAGAGGC TCTGAGAGGCGACACTGGACCTGC 469820 BC094470;M28489 Mm.301827 UniSTS:469820 732452 Rps6ka1 4 D3 4 132019243 132019638 MGI:3576765 4893333 mouse Lims1 488 4890412 4893334 TCAAGAATGCTGGCAGACAC ACACCAGGCCTTGTTGAGAG 470540 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133555394;48580234 16 48218949 48219413 MGI:3579775 48.0 4893703 mouse Prkcz 223 4890412 4941901 CCCGTTTCCTGTCTGTCAAG ATTCCTCAGGGCATTACACG 507178 NM_001039079;NM_008860;BC072590;BC057694;AB110830;M94632;AC139063;AC074313 Mm.28561 UniSTS:472840;Pkcz 736362 Prkcz 7 A3 7 22465230 22465888 7 28667440 28668098 MGI:3723958;MGI:4411189 83.0 4893421 mouse Egfl7 828 4890412 4893422 CCACAAAAAGAAGAAGGCTACCC TCCAAGAAGGACCCTGCTCACTC 470959 NM_001164564;NM_198724;NM_178444;AY239290;AY239289;AY309459;BC024610;AF184973 Mm.268933 1332497 Egfl7 2 B MGI:3580172 4893450 mouse Foxi3 580 4890412 4893451 GGAAGGGTAATTACTGGACTC ATGAGGCTGTTGACCATGCTG 471074 NM_001101464;AC155842;AY416177;GL591589 Mm.297656 1608238 Foxi3 6 C1 6 73038879 73039458 6 70910450 70911029 MGI:3580794 4893454 mouse Slc32a1 980 4890412 4941987 ACTGCGACGATCTCGACTTT ATCCGTGATGACTTCCTTGG 507228 NM_009508;AY578289;BC052020;AJ001598 Mm.413854 1553492 Slc32a1 2 H1-3 MGI:3723972;MGI:4410926 4893468 mouse Masp2 668 4890412 4893469 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4912161 mouse Pcdh19 986 4890412 4912162 CACCAAGCAGAAGATTGACCGAG GCCTCCCATCCACAAGAATAGTG 496845 NM_001105246;NM_001105245;BC118529;AL713863;GL590881 Mm.39738 UniSTS:496845 1622864 Pcdh19 X E3 X 116559414 116560399 X 130220573 130221558 MGI:3663669 4910973 mouse Supt6h 270 4890412 5012334 GGATCACAAGGTCAAGCCTGGG GTGAACTCGGGTTGTCAGGGCTG 144524 AL591070;AC004807;DS033532 Mm.20755 Supt6 1319557 Supt6 11 B5 11 78038393 78038554 MGI:7795 46.74 4912163 mouse Ercc6l 502 4890412 4912164 TCTCCCTTTCCATTCTCATCTGTG CCTCCTGTATCTTCCCGCACTC 497275 NM_146235;AY172688;BC037660;BC004701;AY400856;AL807784;GL591110 Mm.31911 UniSTS:497275 1558137 Ercc6l X D X 89055288 89055789 X 99338613 99339114 MGI:3663869 4912165 mouse Thoc1 4890412 4912166 CTCACTTCTTCCAGCCAACC AGGGAGCCAGAATCTTCCAT 497276 1318556 Thoc1 18 A1 MGI:3664030 4912167 mouse Arl6 4890412 4912168 CCTTTGGATTGGCGTCAAAGATCAG CACTGAGGTCTCCAGGGACTATCTC 497277 NM_019665;BC018497;AF031903 Mm.392505 1313619 Arl6 16 C1.2 MGI:3664298 4912169 mouse Sbf2 902 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87676898 MGI:3664868 4912185 mouse Fussel18 4890412 4912186 CCAACCTCAAACCCAACCAG GAGTTGAAGTTGGCTGCGTC 497289 Skor2;Gm7348;EG664805 1619466 Skor2 18 E3 MGI:3665319 4912187 mouse Phactr3 426 4890412 4912188 AGCTTCTGTCCTCCGATG GAAAACTGTCCTGACGGTG 497288 NM_001177791;NM_001177790;NM_001177789;NM_028806;NM_001007154;AK220554;AJ632223;AJ632222;AJ632221;AJ632220;AY501387;BC059869;BC058621;AY413633 Mm.44413 1623923 Phactr3 2 H4 MGI:3664871 4912190 mouse Neurl 4890412 4912191 GCACCATTTGCTATGAACAC CTGAGGGACCATTAACACC 497290 NM_001163480;NM_021360;XM_001480772;XM_001480766;BC099702;BC058386;AF401228;AF400063;Y15160 Mm.313651 Neurl1a 1557823 Neurl1a 19 C3 MGI:3665477 49.25 4912195 mouse Mageb4 4890412 4912196 ACGCGAGGTATCTCGGGC GGGCGTAAGTTGGCAACC 497293 1608996 Mageb4 X C1 MGI:3665563 4912197 mouse Mtap2 956 4890412 4979283 GTGAACAAGAGAAGGAAGCCCAACA GGACCTGCTTGGGGACTGTGTGATG 531079 NM_001039934;NM_008632;BC052446;BC051410;BC048781 Mm.256966 Map2;UniSTS:497296 733669 Map2 1 C3 1;1 66935809;66936618 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mouse D10Mit55 101 4890412 4919640 TCATTGTTACAATCTCTCATTGGG AATTGTGTGCAAATGGAAAGG 126236 AC158637;AC153536;GL589819 ND;MPC487 10 10 44655460 44655560 10 43503396 43503496 MGI:701221 25.5 4918464 mouse Sample_03.Seq 199 4890412 4918465 CAGATTAATTTGGGTGGGTTTT CCTGTCACGTTTATGTAAGAGGA 125629 AC154212;AC131707;GL590363 1312155 Epha6 16 C1.3 16 60104084 60104329 16 59758823 59759022 4919637 mouse D10Mit53 201 4890412 4919638 ACCCTGGATTACAGAAACATCC TTGGATGACACAGTAAGACCC 126234 FR070558;AC164176;AC164625;GL589501 ND;MPC1893 1331929 Slc16a10 10 B1 10 40967591 40967791 10 39800989 39801189 MGI:701219 25.5 4919635 mouse D10Mit52.1 135 4890412 4919636 GCCAGTGTAGAAATTAAGCCAT ATGGCTTCTCAGGAAAGAATGAAG 126233 AC107864;CT010429;AC154469;AC116111;GL590001;GL594054 731526 Spdya 17 E1.3 17;10 75850959;34617202 75851092;34617336 17;10 71924722;33426929 71924855;33427063 MGI:707250 23.0 4919641 mouse D10Mit54 104 4890412 4919642 TGTGGGACACACACGGAC GGCTAGACAGCGAGGAGATG 126235 AC159462;AC155716;GL589819 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mouse MHAa28h8.seq 182 4890412 4917441 CACAAAGCCCTTCTCTGTCTT CCCTTCATGTTTATCCAACCA 125114 15 4917442 mouse MHAa28h9.seq 158 4890412 4917443 CTGCCTCCTGATGCTGTTTT ATCCTAGTCCCCCGTATGCT 125115 8 4917444 mouse MHAa29a8.seq 116 4890412 4917445 GCAACAAGTATTTGAAGATGAAACA TTGCAGAATACCAGAGGGCT 125117 AC163107;AC163352;AC141482;BV101024;GL589480 16 16 86217180 86217295 16 85991027 85991142 4917446 mouse MHAa29a5.seq 105 4890412 4917447 AGGATGATGCTTTCTCCAGG TGCCTACATCTTTCAGGTGTT 125116 AC114409;AC123033;GL591068 5 5 51753109 51753213 5 54764781 54764885 4917448 mouse MHAa29b8.seq 169 4890412 4917449 CAAGAGAGTAGGAAAGGGGGA CAAATGTGACACGGAGCTGT 125118 AC147643;AC153138;AC133518;KB727610;GL596713 7 7 9468860 9469028 7 12447181 12447349 4918622 mouse U28217 172 4890412 4918623 CCTACCCCAAGCCTAGCTCT GGCATGGAAACATTTTGGAC 125710 U28217;NM_001163565;NM_013643;BC079592;BC057339;BC051975;AC115898;AC113001;BV101506;GL590527 Mm.4654 736590 Ptpn5 7 B3-B5 7 42560972 42561143 7 54333860 54334031 4918624 mouse 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mouse 02.MMHAP26FLA2.seq 200 4890412 4912634 TTCCTCAGGTTCTTTTCCATTT ACCTGGGAGGCGAAAGAC 122699 AC118474;AC109214;AC076974;KB727567;GL589835;GL593150;GL595054 8 4912629 mouse 02.MMHAP17FA2.seq 197 4890412 4912630 GGGTCAGTGGCTCGTTCTAA TGTGTTTGTGTTTATGGCATTG 122697 AL591892;GL589775 1323506 Rbfox2 15 E1 15 78719479 78719675 15 77061852 77062048 4912637 mouse 02.MMHAP35FLA2.seq 167 4890412 4912638 GATAAGGGGGCAGTAGGAGG TTTCTGAGCATATAGGCAAATCA 122702 AC155809;AC127265;GL591524 8 8 53241210 53241376 8 51669158 51669324 4912635 mouse 02.MMHAP32FLA2.seq 163 4890412 4912636 ACTCTGGCTCCCCCTCTTTA TAGCACGTTGAATTTTCCCC 122701 AC153890;GL591687 10 10 127838152 127838314 10 124871849 124872011 4912639 mouse 02.MMHAP26FRA8.seq 78 4890412 4912640 GCTAGCTTGCCATTTAATTGTGT CGTTATTAGAGGTGCTAAAAGGAA 122700 AL607024;KB727584;GL589481 1314856 Mettl16 11 B4 11 82288800 82288877 11 74589736 74589813 4912641 mouse 02.MMHAP36FLA2.seq 181 4890412 4912642 TTGGTTTTTGCCCAATTCTC TGCTTGCCTTTCTAACTTTGG 122703 AC121890 16 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MHAa67b12.seq 188 4890412 4917735 TTCCCATAACGGACTTCAGC TGCATGGGTTATGCATGATT 125261 DH898112;AL845542;AC114823;GA050467;GL594603 2 2 84413602 84413789 2 82611186 82611373 4917738 mouse MHAa67b5.seq 154 4890412 4917739 CCTCGGTTCCTCATTTTTCA AGCACCCTTTGCCCTTACTT 125263 AC123802;GL593167 3 3 147466653 147466805 3 140704626 140704778 4917740 mouse MHAa67c10.seq 106 4890412 4917741 AGATCCAACCTCAACACCAAA TGCTGAGTTTTATAATGGTGGG 125264 BV101079;AL596103 11 11 58875544 58875649 11 54099947 54100052 4917744 mouse MHAa67c5.seq 199 4890412 4917745 CAGACAAATACGTCACAGTTTGG AGGAATCCCACATTTCCCAT 125267 AL732625;GL600249 2 2 124510175 124510373 2 123083580 123083778 4917742 mouse MHAa67c11.seq 151 4890412 4917743 CTGGTCCAGACCTTTTCTGC GAGGAGAGGAGGCATGTGAG 125265 BV101080;BX119911;GL589394 1621232 Pitpnm3 11 B4 11 79585870 79586016 11 71875441 71875591 4917746 mouse MHAa67c4.seq 181 4890412 4917747 TGTGAGGTTAGGGAAGCTTGA CACCTGGTCACCTGGAGTCT 125266 AC166339;AC117804;BV101082;GA062021;GL591062 2309174 Gm8381 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42.2 4919095 mouse mHAa23g1.seq 155 4890412 4919096 CTGGGTGCACTGTTCAGAGA GTATAAAAGTGGGGCAGGCA 125958 AC125525;GL590435 1 1 14490840 14490993 1 14542075 14542228 4919093 mouse mHAa23e5.seq 176 4890412 4919094 TCAAATTTTGTCTCTAATGGTGGA CCCGGTAAGGATAGACAAACA 125956 AC113094;AC117193;AC123809;GL591093 10 10 72700746 72700921 4919097 mouse mHAa23g10.seq 164 4890412 4919098 GCTTGCGTGTCAGATGTGTT ATTGGACTTTCATTCCACGG 125959 AC115017;GL591948 1550111 Dpyd 3 G1 3 125602861 125603024 3 118897700 118897863 4919101 mouse mHAa23g6.seq 158 4890412 4919102 CACCACAGAAGGTTTCCCAT GGGTGAAGACGTTTCCAAGA 125961 AC171277;AC158621 10 10 19809381 19809532 10 19642464 19642621 4919099 mouse mHAa23e6.seq 151 4890412 4919100 AGAAGCCAAGGGTGAATCTG GGTCTTGAAACTTCCAGTGGTT 125957 AC152401;AC122183;GL590510 1550111 Dpyd 3 G1 3 124968969 124969119 3 118263655 118263805 4919103 mouse mHAa23g11.seq 200 4890412 4919104 TGAAAAGAAGTTTTATTCCTCAAAG CCGCTGAAGAAATGAGGTCT 125960 AC153997;GL592477 1619285 Ctnna2 6 B3-D 6 79925872 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TGTCCAAACAATTTCAGCCA CGGTTGCTGCAAATGAATAC 125968 AC157944;BV101176;AC115356 15 15 90181464 90181656 15 87885253 87885445 4919119 mouse mHAa31e11.seq 183 4890412 4919120 CGGCAGTGTCTCAAAGGTCT TTAGCAGTTTTGCCAGCTCA 125969 AC102231;JH801580;GL590218 18 18 59777155 59777337 18 58633526 58633708 4919121 mouse mHAa31e2.seq 80 4890412 4919122 CCTGATCAGCCTGGTGTCTC CATGCAGCACAGCAACCTAC 125970 AC165445;GL597461 1614323 Ptk7 17 C 17 50031178 50031258 17 46732304 46732384 4919123 mouse mHAa31e3.seq 179 4890412 4919124 CTGGGATTCCAGGGGATACT GGCACACTGAGATCCACAGA 125971 10 4919127 mouse mHAa31f2.seq 79 4890412 4919128 TCTGGGAGGTAATCAAGGTCA CGCGGTTACTTCTCCATTTT 125974 AC131709;GL590893 18 18 66126355 66126433 18 65015774 65015852 4919125 mouse mHAa31f1.seq 73 4890412 4919126 TGGATCCCATAGAGGACTTTT TGTCGTTGGTGTTTGTGGAG 125972 AC122000 1615591 Rbfox1 16 A1 16 7663627 7663699 16 7026417 7026489 7.2 4919129 mouse mHAa31f11.seq 151 4890412 4919130 AGTAACCCTGTGCCCCACTC CCAAACCCCTTGTAGATGGA 125973 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1557428 Enox2 X A4-A5 MGI:3614506 4910412 mouse Cstf2t 600 4890412 4910413 GGATGGTAGAGGAGGTAGAGAATC CTCTGCCTTTGTTCGGGAGGCAG 478995 NM_031249;AK173002;BC026995;AF322194;AC110180;AY401180;GL595970 Mm.490369 UniSTS:478995 1320691 Cstf2t 19 C2 19 31868919 31869518 19 31158806 31159405 MGI:3614457 4910414 mouse Dus2l 600 4890412 4910415 CGGTGCAGTATGATAACCACTAC GTAGTGCTGGCTCCTGAACTC 478996 NM_025518;BC116934;BC116936;BC058431;AY414020 Mm.287500 1553224 Dus2 8 D2 MGI:3614537 4910419 mouse Fmr1 660 4890412 4910420 GTAAAAGATGTCCATGAAGATTCT AGCACCATGAGTACCAATAGCTAAACC 478998 NM_008031;BC079671;AF461114;L23971 Mm.3451 735920 Fmr1 X A7.1 MGI:3614483 24.5 4910417 mouse Fubp3 813 4890412 6479821 TCTCCTCTGTCCCTCCACTC CAAACCCACCCCAAACTGTA 547230 NM_001033389;BC110694;AL732564 Mm.207261 1620465 Fubp3 2 B MGI:4410841 4910421 mouse Fus 595 4890412 4910422 AGGGAAACTGGCAAGTTGAAGG AATATGGCCTCTCCCTGCGATCC 479000 NM_139149;BC058247;BC040827;AF224264 Mm.277680 1318883 Fus 7 F3 MGI:3614509 4910423 mouse Gpatch4 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Neurog3 558 4890412 4939608 AGTGCTCAGTTCCAATTCCAC AAGAAGTCTGAGAACACCAGT 462689 NM_009719;BC104327;BC104326;AC127417;AF364300;Y09167;U76208;GL589699 Mm.57236 UniSTS:496541;UniSTS:462689 1552201 Neurog3 10 B4 10 63236061 63236618 10 61596294 61596851 MGI:3052776 4911725 mouse Sohlh1 73 4890412 4973622 GCTGGAGAGACCTTCCTCCT GCTGGAAGACTCTGGCTCAC 525719 NM_001001714;BC139189;BC139190;AY623913 Mm.301632 UniSTS:496542 1622972 Sohlh1 2 A3 2 25564771 25565811 2 25700795 25701835 MGI:3839377 4911727 mouse Sohlh2 874 4890412 5685336 CCAGCATCTTTCGTGGATTC CACCCTGTTAAGGCAAGGAC 546037 NM_028937;DQ086115;AC111132 Mm.25514 UniSTS:496543 1312378 Sohlh2 3 C 3 54925536 54927072 3 55011671 55013207 MGI:5298721 4911731 mouse Tcfl5 234 4890412 5494857 CTCTCATTCGACATCCATCTGA GCAATCCAATATCCTGGTG 505936 NM_178254;BC108399;AY234363;AL732560 Mm.473700 1620481 Tcfl5 2 H4 2 184726249 184726899 2 180375111 180375761 MGI:3640379;MGI:5298731 4911733 mouse Zim2 311 4890412 4911734 GGCTCCTGAGTCCTCATCTG 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21.0 4911715 mouse Kit 662 4890412 4978191 GCCCACCCTGGTCATTACAGAA CTTCCTTGATCATCTTGTAGAACTT 527042 NM_001122733;NM_021099;BC052457;Y00864;BC075716;AY536431;AY536430 Mm.247073 UniSTS:498239;UniSTS:496537;UniSTS:256444 731383 Kit 5 C3.3 5;5;5;5;5;5 72891514;72941776;72941682;72941306;72941856;72940687 72891633;72942539;72942110;72941465;72942358;72941598 5;5;5;5;5;5 76003050;76051833;76051913;76051739;76051363;76050744 76003169;76052596;76052415;76052167;76051522;76051655 MGI:4360018 42.0 4911737 mouse Bace1 71 4890412 4911738 TGCCCCACACCCTTTCCT CCTTTCGGAGGTCTCGATATGT 496548 NM_001145947;NM_011792;BC048189;AF190726;AF200346;AY417362 Mm.24044 1332039 Bace1 9 A5.2 MGI:3640784 4911739 mouse Cdc20 191 4890412 4970467 TTCGTGTTCGAGAGCGATTTG ACCTTGGAACTAGATTTGCCAG 531329 NM_023223;AF312208;BC003215;AB045313;AY411083;AL627212;AC159199;GL590011;GL590667 Mm.289747 UniSTS:496549 731834 Cdc20 16 C3.3 16;4 92591020;117162362 92591204;117162650 4 118106175 118107420 MGI:4835512 4911741 mouse Fbxo43 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16 78765868 78766244 16 78544381 78544757 MGI:2674397 4970323 mouse Cd3e 340 4890412 4970324 AACACTTTCTGGGGCATCCTG TGATGATTATGGCTACTGCTG 259590 NM_007648;GU456631;EF474454;BC145954;BC145926;J02990 Mm.210361 1319443 Cd3e 9 A5.2 MGI:3052136 26.0 4970344 mouse Pigp 389 4890412 4970345 CAGCCTCTGCTTTTCCTCAG ATGGGGACATCTCTCAATGC 259607 NM_001159616;BC096569;BC061116;AF216306 Mm.474449 1316261 Pigp 16 C3-C4 MGI:2674411 4970379 mouse Olig1 295 4890412 4970380 GCTGCGCGAAGTTATCCTAC GTCGAGCGCTAGAGACAGGT 259640 NM_016968;BC046316;AB038696;AC152503;AC034116;GL589465 Mm.39300 1552169 Olig1 16 C3.3 16 92346091 92346385 16 91270469 91270763 MGI:2674442 4970381 mouse ORF28 304 4890412 4970382 CCCGGTGGTAGATGAGAAAC CATTTGGAGACCACAGTTGG 259642 NM_001099738;NM_138664;BC020175;BC005604;AC131691;GL590011 Mm.101927 Dnajc28 1551340 Dnajc28 16 C3.3 16 92692560 92692863 16 91615997 91616300 MGI:2674396 4978662 mouse Mtor 975 4890412 4978663 CCACACTGTGATGGAAGTGC GGGCAGGTCTTGTGAGTTTC 527429 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TGTCCTCTTTCTGTGCCTCA 259655 NM_015825;AJ272170;AJ239082 Mm.28638 1321088 Sh3bgr 16 C4 MGI:2674453 4978671 mouse Ncapd3 444 4890412 4978672 CATGAACTACCTGAGGGAAG ATGGCGATGGTACTGAGA 527435 NM_178113;DQ340802;AK129046;BC033607 Mm.251777 1558356 Ncapd3 9 A4 MGI:4411808 4978757 mouse Phf20 351 4890412 4978758 CCTAGATCCTGACTCGATTG CGAAACTTGTGGTCTAGGTC 527488 NM_172674;BC060121 Mm.427078 1623787 Phf20 2 H1 MGI:4411118 4978761 mouse Pik3r3 904 4890412 4978762 TGGTGCTTGTGTGGTGTTTC TTACAGAGTGGCTGAGGGTG 527490 NM_181585;BC053102;AL670603;GL595187 Mm.253819 1553584 Pik3r3 4 D1 4 115041139 115042042 4 115973275 115974178 MGI:4411255 4978776 mouse Podxl 966 4890412 4978777 CCAGCTCCTTACTGCCAAAG CCGTAAGAGCAAGTGAAGG 527498 NM_013723;BC054530;BC052442;AF290209;AC153837;AF290208;GL589514 Mm.89918 736844 Podxl 6 A3.3 6 31508563 31509528 6 31470952 31471917 MGI:4411208 10.0 4978785 mouse Prim2 921 4890412 4978786 AGTCCGATGAACGACTTCAG TAAGGTGGAAGCAAGCCTGC 527504 D13545;BC019500;D17385 Mm.27705 1552817 Prim2 1 B MGI:4411662 18.5 4978792 mouse Rab1 512 4890412 4978793 CATTCACCTGCCTTTTCCTC TAGCCCCCAATTGAAGAATG 527512 NM_008996;AK129477;AF226873;AL606522;X15747;GL590835 Mm.271944 731304 Rab1 11 A3.1 11 22375479 22375990 11 20126110 20126621 MGI:4411169 11.0 4978796 mouse Rangap1 971 4890412 4978797 CCATCCCTGTTTTGCTTTGT TTGATTTCGCAGAACGACAG 527514 NM_011241;U08110 Mm.270975 1321255 Rangap1 15 E1 MGI:4411167 43.3 4978697 mouse Nkx2-6 562 4890412 4978698 CCGGGTAGCAGTGCCAGTA AATGCAGTACACGGCTGCTT 527452 NM_010920;CT025562 Mm.390691 1314600 Nkx2-6 14 D2 14 66955399 66955960 14 69793032 69793593 MGI:4411299 30.0 4978801 mouse Rfx1 813 4890412 4978802 TATGTCACCGAGCTGCAAAG TGCCGTCTGCGTGTAGATAG 527517 NM_009055;BC057018;X76088 Mm.7892 1315269 Rfx1 8 C3 MGI:4411154 38.0 4978803 mouse Riok3 980 4890412 4978804 CGACTAGTACAGCGGTGACG GTGAGAGCAAGCAAGCACTG 527518 NM_024182;AC102096;GL589813 Mm.28551 1321962 Riok3 18 A2 18 12388857 12389836 18 12313830 12314809 MGI:4411110 3.0 4978809 mouse Rpn2 1015 4890412 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