# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: markers build 2021-04-30 # GENERATED-ON: 2025/01/10 # PURPOSE: information about active Human markers extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### Nov 23, 2011 no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### Dec 19 2011 no data changes; improved internal QC. ### May 31 2012 no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### Oct 22 2012 fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). ### Nov 20 2012 rat: positions on assembly map 3.1 are no longer exported; instead position on assembly 5.0 are exported. ### Dec 26 2013 no data changes; improved internal QC. ### Sep 8 2014 rat: available positions on assembly Rnor_6.0. ### Oct 29 2018 discontinued columns #8 CLONE_SEQ_RGD_ID and #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID. Column #8 now shows marker type. ### Nov 1 2018 renamed columns SSLP_RGD_ID => MARKER_RGD_ID, SSLP_SYMBOL => MARKER_SYMBOL, SSLP_TYPE => MARKER_TYPE. ### Jun 17 2019 data sorted by RGD ID; files exported into species specific directories ### Jan 19 2021 discontinued column 15 with UniGene IDs ### Apr 30 2021 added export of positions for new rat assembly mRatBN7.2 # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 MARKER_RGD_ID RGD_ID of the marker #2 SPECIES species name #3 MARKER_SYMBOL marker symbol #4 EXPECTED_SIZE marker expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) about marker #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) about marker #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 MARKER_TYPE marker type, if available #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 (UNUSED) #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 (UNUSED) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this marker #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this marker #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this marker #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_37 chromosome for the current reference assembly v.37 #25 START_POS_37 start position for current reference assembly v.37 #26 STOP_POS_37 stop position for current reference assembly v.37 #27 CHROMOSOME_36 chromosome for the old reference assembly v.36 #28 START_POS_36 start position for old reference assembly v.36 #29 STOP_POS_36 stop position for old reference assembly v.36 # MARKER_RGD_ID SPECIES MARKER_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID MARKER_TYPE CLONE_SEQUENCE (UNUSED) FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE (UNUSED) ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_37 START_POS_37 STOP_POS_37 CHROMOSOME_36 START_POS_36 STOP_POS_36 1298096 human D8S549 168 1342427;4890412 9718341 AAATGAATCTCTGATTAGCCAAC TGAGAGCCAACCTATTTCTACC CM001616;JH976340;GL294760;Z24238;AF126483;AC008005;AC019292;GL583012;CM000670;GL000064;CM000498;DS990732;CM000469;DS486094;CM000259;CH471080;CH003503;CH003455 AFM303zc1;303ZC1;stSG1109;SHGC-1961;HS303ZC1;GDB:200235;PMC310830P9 8 8;8 14613597;14613606 14613764;14613838 8;8 15649610;15649601 15649844;15649770 8 15693972 15694141 1298097 human D1S1665 225 1342427;4890412 9718341 TAAGTAAGTTCAAATTCATCAGTGC TTCCAAGCTTCACAGTGTCA G07838;AL591463;GL583058;CM000663;GL000006;CM000491;DS990669;CM000462;DS486031;CM000252;CH471059;CH003496;CH003448;CM001609;JH976295;GL298126 GATA61A06;GATA-D1S1665;CHLC.GATA61A06.P17600;GDB:685218;G00-365-403;CHLC.GATA61A06 1353035 GPR143 1 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