# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: sslps-version-2.3.4 # GENERATED-ON: 2012/12/07 # PURPOSE: information about active Rat sslps extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### As of Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### As of Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### As of Nov 23, 2011 v. 2.3.1: no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### As of Dec 19 2011 v. 2.3.2: no data changes; improved internal QC. ### As of May 31 2012 v. 2.3.3: no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### As of Oct 22 2012 v. 2.3.4: fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 SSLP_RGD_ID RGD_ID of the sslp #2 SPECIES species name #3 SSLP_SYMBOL sslp symbol #4 EXPECTED_SIZE sslp expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) on sslp #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) on sslp #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 CLONE_SEQ_RGD_ID RGD_ID of clone sequence #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID RGD_ID of primer sequence #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 UNIGENE_ID UniGene ID(s) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this SSLP #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this SSLP #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this SSLP #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_3.4 chromosome for the current reference assembly v.3.4 #25 START_POS_3.4 start position for current reference assembly v.3.4 #26 STOP_POS_3.4 stop position for current reference assembly v.3.4 #27 CHROMOSOME_3.1 chromosome for the old reference assembly v.3.1 #28 START_POS_3.1 start position for old reference assembly v.3.1 #29 STOP_POS_3.1 stop position for old reference assembly v.3.1 #30 (UNUSED) #31 (UNUSED) #32 CHR_FHHxACI chromosome for FHH x ACI map #33 POS_FHHxACI absolute position (cM) on FHH x ACI map #34 CHR_SHRSPxBN chromosome for SHRSP x BN map #35 POS_SHRSPxBN absolute position (cM) on SHRSP x BN map #36 CHR_RH_2.0 chromosome for RH 2.0 map #37 POS_RH_2.0 absolute position (cR) on RH 2.0 map #38 CHR_RH_3.4 chromosome for RH 3.4 map #39 POS_RH_3.4 absolute position (cR) on RH 3.4 map # SSLP_RGD_ID SPECIES SSLP_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID CLONE_SEQ_RGD_ID CLONE_SEQUENCE PRIMER_SEQ_RGD_ID FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE UNIGENE_ID ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_3.4 START_POS_3.4 STOP_POS_3.4 CHROMOSOME_3.1 START_POS_3.1 STOP_POS_3.1 (UNUSED) (UNUSED) CHR_FHHxACI POS_FHHxACI CHR_SHRSPxBN POS_SHRSPxBN CHR_RH_2.0 POS_RH_2.0 CHR_RH_3.4 POS_RH_3.4 11449 rat D12Wox14 61089;1625128;4890412 9843218 1636703 CTGAGTTAGGGCACCTTCC CACCAACCCCAAGTCCAG 517776 AC096474;AC091537;M86375;CM000242;CH473973 oxsts5472;REP17 67394 Eln 12 12 23767713 23767870 12 23068543 23068700 11447 rat D16Wox10 62410;1625128;4890412 10673333;9870869 67651 AGGCTTTGATTGCAGGAAG AAAGAGCTGTCGTCCACAAC 240553 Y00169;CM000246;CH474031;JH618627 R435;RATTM4;TM4;oxsts5610 3899 Tpm4 16 16 17911414 17911526 16;16 18121277;18121278 18121390;18121390 16 18121275 18121388 11444 rat D8Mgh5 128 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34748 GACTACGCCATCTAGCTCCG GGCACTCAGACCAGGGTCT 119610 M15472;CM000238;CH474041;M15472 oxsts9212 3898 Tpm1 8 8 74055242 74055370 8;8 71344697;71344698 71344826;71344826 8 71363751 71363880 8 618.1 8 855.7 11446 rat D16Mgh4 150 1014;1016;62410;62411;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333;7704027 34747 AAACCCTTTGTAGCCCGTG CACAACTATGCATGAACAGAAGC 119472 Y00169;CM000246;CH474031;Y00169;JH618627 TM4;R0202-D03;oxsts8908 3899 Tpm4 16 16 17911428 17911547 16;16 18121292;18121291 18121411;18121411 16 18121289 18121409 16 12.2099 16 200.5 16 213.1 11450 rat D12Mgh12 140 1625128;4890412 34751 TGCCTGGTGGACCAGGAG ACCTCCGATACCAGGGCCCC 239829 NM_012722;BC085910;M60647;AC096474;AC091537;M86371;CM000242;CH473973 Rn.54384 oxsts8837;Eln 67394 Eln 12 12 23760871 23761010 12;12 23061700;23061701 23061840;23061840 12 22920521 22920661 12 344.2 11439 rat D1Mit30 182 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34715 TGTCTTGGCCTCTGATTTCA TGCTGTGTGGACGGAGATAA 120261 M26533;CM000231;CH473979;M26533 oxsts9007 3888 Klk1c2 1 1 88761687 88761868 1;1 94473940;94473941 94474122;94474122 1 94552051 94552233 1 595.2 1 904.9 11454 rat D13Mgh8 267 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 34744 TTGAAAAAAGATGCAGCGTG AGAGGTCGGTCCATCCATC 119298 V01272;CM000243;V01272;JH617891;JH617895;CH474169 oxsts5531;D13Mgh8 3905 Trnan1 13 13 38990430 38990696 13;13;13;13 86915525;86915524;86935349;86935348 86915779;86915779;86935615;86935615 13 86929711 86929967 13 611.7 13 552.7 11456 rat D15Wox2 200 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 726692 GACGTCTATGTTGACCCTGG AATTCTCCACCTGAAGAGATATTAG 118054 M64733;CM000245;CH474023;M64733 oxsts5576;R437 3907 Clu 15 15 39864833 39865013 15;15 45398245;45398246 45398426;45398426 15 45414025 45414206 15 293.1 15 313.2 11479 rat D10Mit8 185 1014;62411;1625128;4890412 34758 CCTTGTCCTTCTCTAGGGCT ACCCAACAGGGAAATAGCTT 120629 NM_012663;BC074003;M24105;CM000240;CH473948 Rn.12939 R1102-B04;oxsts8818;D10Wox13;Vamp2 3949 Vamp2 10 10 52962925 52963033 10;10 55851702;55851703 55851811;55851811 10 55865325 55865434 10 46.5699 11455 rat D13Arb12 62410;1625128;4890412 8288230;10673333 67417 GTCTAGTTGTTAGGATTCGGCG 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1;1;1;1;1 195944729;195902856;195860594;196191866;195936161 195945908;195902895;195860633;196192009;195936200 1;1;1;1;1 203802545;203468249;203383796;203459643;203426076 203802688;203469428;203383835;203459682;203426115 5036408 rat Mcl1 4890412 5036409 GAGAAGAGGGAGGGGCTG TTGGTCCTAACCCTTTCGG 143841 FQ226205;FQ232148;FQ234365;FQ226662;CM000232;CH474015;JH613765 Rn.4067 2 2 175753977 175754159 5036410 rat UniSTS:143850 4890412 5036411 GGGAAGATGTGGTACAGAAAGC GCCGATGTCCCCATATGTAC 143850 XR_086001;XR_085602;NM_001044286;FQ213546;FQ223977;BC089978;CM000239;CM000243;CH473958;CH473987;JH617833 Rn.95299;Rn.225756 Mea1 1306666 Ppp2r5d 13 13;9 39994958;12048639 39995111;12048870 13;9 40828931;10053825 40829084;10054055 5036412 rat Mitf 4890412 5036413 AAGCCTCCGTTAAGCTCCTC GCCACTCTCTGTTGCATGAA 143873 NM_001191089;XM_001074940;CM000234;CH473957 Rn.31427 3092 Mitf 4 4 119410997 119411136 4 132665646 132665785 5036414 rat Mor2 4890412 5036415 GCTGAAGGGAGAGTTCATCACG CAGCAGCACCACGCTGTTGCAC 143899 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rat Cbx1 4890412 5036102 CTCCATAGCCTCTCCCACCTG GGTGTGAAATCTTTAAGATGAC 141250 AC136178;CM000240;CH473948 1310714 Cbx1 10 10 80547144 80547319 10 85559644 85559819 5036456 rat Plcg1 4890412 5036457 TGTCCTCCTTTCGGGAAAC GATCCACATGGGCAGAGG 144221 NM_013187;J03806;FT214099;CM000233;CH474005 Rn.11243 3347 Plcg1 3 3 148086703 148086854 3 151550483 151550634 5036454 rat Prkcm 4890412 5036455 GATGAAAGCCCTCAGTGAGC TGCTTCTGTTGATTTGTCTTGG 144198 CM000236;CH473947;XM_234108 620964 Prkd1 6 6 66643245 66643450 6 70363966 70364171 5036452 rat Prkca 4890412 5036453;5088043 TGGCAAAGGAGCAGAAAACT;GAAGGGTTCTCGTATGTCAACC GTTAAGGATCACTTCCCACTGC;GTTAAGGATCACTTCCCACTGC 144191;144193 NM_001105713;BC169007;CM000240;CH473948 Rn.207908;Rn.86669 3395 Prkca 10 10;10 91559079;91559079 91559311;91559208 10;10 97368649;97368649 97368881;97368778 5036462 rat Ppicap 4890412 5036463 AGCAGCTTCCGTGTGGTC GAGTGCTGGCTGAAACCTTC 144253 BC081724;AY552591;CM000240;CH473948 Rn.3251 620837 Lgals3bp 10 10 102180144 102180361 10 108388298 108388515 5036464 rat Prkm3-rs1 4890412 5036465 TATTAGATACAGGCACGGGG AGTCTCAAGGGCTAGTTTCC 144262 NM_017347;U12008;S46779;M61177;M38194;CM000231;CH473956 Rn.2592;Rn.228599 3046 Mapk3 1 1 179028196 179028364 1 185941056 185941224 5036466 rat Psme1 4890412 5036467 CTGCAATGAGAAGATTGTGGT GGCCACTCACTTGGAGATCTGC 144281 CM000245;CH474049 3429 Psme1 15 15 28646561 28647093 15 33714520 33715052 5036468 rat Ptger1 4890412 5036469 GGGGGCTGGAACTCTAACTC TGACCCTCAGGGGTAGGAG 144290 NM_013100;D88752;D88751;U68037;CM000249;CH473972 Rn.11423 3434 Ptger1 19 19 24013706 24013853 19 26161028 26161175 5036472 rat Rab7-ps1 4890412 5036473 TAACATGTACTATAAGATTCTT TTCACAGTTCATCTGTGTCTAA 144311 NM_023950;BC072470;CM000234;CH474042;CH473957;JH614734 Rn.1425 61908 Rab7a 4 4;4 91166331;109422096 91166559;109422326 4;4 96977370;122203418 96977598;122203648 5036460 rat Pou3f2 4890412 5036461 ACATCAAGCCCTCGGTGGTG ATGGTGGTTGGCAGCGTGGT 144243 NM_172085;L27663;CM000235;CH473962 Rn.82733 61946 Pou3f2 5 5 35093420 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200464487 1 208266316 208266403 5036488 rat Sema4f 4890412 5036489 CTGACTGGGTCGTGTGCTAA ACCGACGTAAAGTGTGTG 144393 CM000234;CH473957 3658 Sema4f 4 4 104431008 104431321 4 117128368 117128681 5036484 rat Scg2 4890412 5036485;5502926 GTGGAATGCGGAGTCAGG;AGGGTTGACGAGGAACAAA CAAGCATGCTCCTCTCTGC;CTGGACTGGGCACTCTCTTC 144372;507207 AF107301;CM000239;CH474004;NM_022669;BC061549;M93669;X13618 Rn.45602 3626 Scg2 9 9;9 78296760;78292106 78296861;78293045 9;9 78767982;78763325 78768083;78764264 5036486 rat Scya2 4890412 5036487 GGATCAGAGATACTCATGAT GAGAAGATTACCTGAGTACA 144380 CM000240;CH473948 3645 Ccl2 10 10 65953484 65953557 10 70256779 70256852 5036492 rat Slc22a2 4890412 5036493 GGGAAAGATTAACCAGCTGT GGTGGAATTCCCCTATATG 144419 CM000231;CH474059 61936 Slc22a2 1 1 43963135 43963552 1 42442714 42443131 5036482 rat Rras 4890412 5036483 GCTGAGCCTCTGTTTCATCC CTACAGGGTCTTGTGGGGAA 144362 NM_001108481;FQ211166;CM000231;CH473979 Rn.71224 1311443 Rras 1 1 89765495 89765626 1 95495252 95495383 5036480 rat Rnu1a1 4890412 5036481 CTGGGAAAAGCAACTGCTTCCA ATCTCCCCTGCCAGGTAAGTAT 144352 K02432;CM000240;CH473948;AABR06110142 1305437 Tex14 10 10 71162156 71162386 10 75733084 75733314 5036494 rat UniSTS:144426 4890412 5036495 ATCATCTTCGCTGCCTTCCTC TACCGGCTGCATGCTGTTCAA 144426 NM_017102;U17978;D13962;CM000234;CH473964;XM_003749833;JH614801;JH614802 Rn.95055 Slc2a3 3706 Slc2a3 4 4 144783039 144783200 4 159210140 159210301 5036476 rat Rarg 4890412 5036477;5505419 AAGTCCCCAACCTGACCAG;AGGCAGCAGACTGACCATTT ATGAACACAGGCACCCCTAG;CTTGGGGAAAGAAAGGAAGG 144328;527515 NM_001135250;NM_001135249;CM000237;CH474035 Rn.198797 1583230 Rarg 7 7;7 129802516;129801743 129802691;129802637 7;7 140992381;140991608 140992556;140992502 5036500 rat Sn 4890412 5036501 GGATCACTGGAGACTGTG CCACAGTGCAGATGAACAC 144466 NM_001107777;CM000233;CH473949 Rn.35268 1311953 Siglec1 3 3 117107833 117108345 3 118778769 118779291 5036496 rat Smpd1 4890412 5036497;5502931 TACAAAATCATAGCCAG;TGTCTACGAGCCTGGCAATG 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2405 Crk 10 10 59567577 59567895 10 63028428 63028746 5087404 rat Col10a1 4890412 5087405;5502668 CCTGGGTTAGATGGAAAA;GCCGCTTGTCAGTGCTAACC AATCTCATAAATGGGATGGG;GAGCCACTAGGAATCCTGAG 265064;502678 XM_001053056;XM_002725875;FT031365;CM000250;CH474051;AJ131848 Rn.217522 2371 Col10a1 20 20;20 38968357;38968828 38968938;38969252 20;20 38729602;38730050 38730160;38730474 5087418 rat Epha4 4890412 5087419 GAGCTGCCCTTCCTTCCTATG GCCTTGCCTGAGGATCCTAAG 266987 CM000235;CH473968;XM_003750071;XM_001069777 Rn.222640 708543 Epha8 5 5 147563931 147564049 5 155694908 155695026 5087943 rat Hoxc9 4890412 5087944 CCTACACCAAGTACCAGACGC GGATTGTTCCTTGTCGGTTT 143392 NM_001100907;AC116663;CM000237;CH474035 Rn.91646;Rn.228259 620626 Hoxc6 7 7 130547198 130547385 7 141747523 141747710 5087939 rat Hoxb6 4890412 5087940;5504948 TCAATGGTAGATTCGCTGTCC;GGTTCAATGGTAGATTCGCTGTCC GGCTCCTCTTCTTCCTTCTAGG;ATGTGCTCCTTCCAGTGGCTTTGG 143383;516139 XM_573182;CM000240;CH473948;XM_003752371 Rn.203800 1562142 Hoxb6 10 10;10 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1;1 245562564;245562518 245562663;245562663 1;1 256556963;256557009 256557108;256557108 5088933 rat AU048856 137 4890412 5088934 GGTGGGGTTGGTGATTAATGT TTGGAACTTGTTAGAGCCTTGC 145306 AU048856;AC094668;AU028735;AU027217;CM000231;CH474099 1 1 135718953 135719089 X 160215691 160215827 5088937 rat AU048858 94 4890412 5088938 CTCGATCAGGTCACACATAAT CCTAGCTCCCAAACCTCAG 145308 AU048858;CM000250;CH473988 1590969 Pcdh15 20 20 15551020 15551113 20 14605692 14605785 5088941 rat AU048860 196 4890412 5088942 TGTGTGTCTTTCTCTGTCTCTCTG GATCAGCCTGTCTGTGGATTT 145310 AU048860;CM000246;CH473970 16 16 76417827 76418022 16 83509903 83510098 5088945 rat AU048862 117 4890412 5088946 TGTGTGTGCATATGCACACAC CCTCTAATTTCCACATAGGCTCC 145312 AU048862;CM000247;CH473977;JH618942 2321541 LOC100360717 17 17 29033106 29033220 17 35763722 35763838 5088949 rat AU048864 102 4890412 5088950 GATGAGCATCATCTGCAACC GATCTTTGCGCGCGCGCA 145314 AU048864;CM000245;CH473951 1560635 Itgbl1 15 15 99584043 99584144 15 108845866 108845967 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rat AA850795 171 4890412 5087029 GATTTAGCTCAGTGGCAAGCG CGCTGCTCTAGTCCATCCTACA 261671 CM000232;CH474015 1304965 Rhoc 2 2 184758636 184758806 2 200052911 200053081 2 1351.4 5087038 rat AA800651 197 4890412 5087039 AGGCTTCTACGCAGTCAATTCAG ACCCTAGCTCACCTCCTTCATTC 261677 NM_001107891;AC125873;CM000234;CM000243;CH473964;CH473985;JH614823 Rn.104461 620070 Clec2d 4 4;13 150931753;102370565 150931949;102370761 13;4 107413917;166002483 107414113;166002679 13 726.5 5087044 rat BM389118 219 4890412 5087045 CTTGAGCATAATACCGAAGGGC AGGAAATGTGCCTGGTTTAGGA 261680 CM000237;CH473960 Rn.21084;Rn.228983 1564876 Slc35e3 7 7 50108152 50108370 7 57042957 57043175 7 489.1 5087058 rat BE107623 158 4890412 5087059 TATCTCATCCAAGAGGCCAACA GGCGAAGAGACAGTAGCAGGAT 261689 NM_201421;FQ235128;FQ227871;FQ234144;BC087696;AY426740;AY426739;CM000234;CH473964 Rn.68658 1303233 Fgfr1op2 4 4 168007493 168007650 4 184172300 184172457 4 1068.2 5087050 rat BM388419 157 4890412 5087051 CCTTGTCTTCTGGGCACACATA GCACCTTGCTGACACTCCTGTA 261684 CM000232;CH473952;JH613791 Rn.155520 1305120 Dennd2d 2 2 186654331 186654503 2 201779578 201779750 2 1352.9 5087054 rat AI406393 190 4890412 5087055 TTCATGCCACTGAGCTTAGACTG ACTGGCCAAATATTGGACCTTC 261686 CM000239;CH473987 620000 Rims1 9 9 22740140 22740329 9 21572122 21572311 9 232.1 5087062 rat AA892930 155 4890412 5087063 CAAGCCAGAAGAGGACATCAGA CGTGCTGTCCCTTTGAGAGTAA 261691 CM000235;CH473968 Rn.22065 1311369 Tcea3 5 5 146876877 146877031 5 154977783 154977937 5 1004.4 5087070 rat BM387785 215 4890412 5087071 ACTTATGCTGTCCCACCCAGTT GAATGCTGGCCTTTATCTGACC 261697 CM000247;CH473990 Rn.212943 628886 Optn 17 17 72668531 72668745 17 84317417 84317631 17 729.6 5087074 rat BE106930 160 4890412 5087075 AGAGTGAGCTAAGGGCCTTGTG CTATCAGCAGGACAAGCTGCAC 261699 Rn.58838 1302948 Tacc3 14 14 75976715 75976874 14 82748415 82748574 14 501.57 5087084 rat BQ192888 198 4890412 5087085 CCGCACTTTAGTAAGGCTGCTT AGTAGGTCATGCCCACACTCAA 261706 CM000233;CH473949 Rn.54021 3 3 46868988 46869185 3 44545937 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