# RGD-PIPELINE: ftp-file-extracts # MODULE: markers build 2021-04-30 # GENERATED-ON: 2023/06/02 # PURPOSE: information about active Rat markers extracted from RGD database # CONTACT: rgd.developers@mcw.edu # FORMAT: tab delimited text # NOTES: multiple values in a single column are separated by ';' # # Where a marker has multiple positions for a single map/assembly # (f.e. D1Arb36 has positions 78134192..78134522 and 78153000..78153323 on ref assembly) # is how it is presented in the columns CHROMOSOME_3.4, START_POS_3.4 and STOP_POS_3.4: # 1;1 78134192;78153000 78134522;78153323 # ### Apr 1, 2011 RATMAP_IDs and RHDB_IDs are discontinued. ### Jul 1, 2011 fixed generation of UNCURATED_REF_PUBMED_IDs. ### Nov 23, 2011 no format changes (UniGene Ids are extracted from db in different way). ### Dec 19 2011 no data changes; improved internal QC. ### May 31 2012 no data changes; (optimized retrieval of maps data from database) ### Oct 22 2012 fixed export of positional information for mouse (positions on assembly build 38 were exported as positions on assembly 37). ### Nov 20 2012 rat: positions on assembly map 3.1 are no longer exported; instead position on assembly 5.0 are exported. ### Dec 26 2013 no data changes; improved internal QC. ### Sep 8 2014 rat: available positions on assembly Rnor_6.0. ### Oct 29 2018 discontinued columns #8 CLONE_SEQ_RGD_ID and #10 PRIMER_SEQ_RGD_ID. Column #8 now shows marker type. ### Nov 1 2018 renamed columns SSLP_RGD_ID => MARKER_RGD_ID, SSLP_SYMBOL => MARKER_SYMBOL, SSLP_TYPE => MARKER_TYPE. ### Jun 17 2019 data sorted by RGD ID; files exported into species specific directories ### Jan 19 2021 discontinued column 15 with UniGene IDs ### Apr 30 2021 added export of positions for new rat assembly mRatBN7.2 # #COLUMN INFORMATION: # (First 23 columns are in common between rat, mouse and human) # #1 MARKER_RGD_ID RGD_ID of the marker #2 SPECIES species name #3 MARKER_SYMBOL marker symbol #4 EXPECTED_SIZE marker expected size (PCR product size) #5 CURATED_REF_RGD_ID RGD_ID of paper(s) about marker #6 CURATED_REF_PUBMED_ID PUBMED_ID of paper(s) about marker #7 UNCURATED_REF_PUBMED_ID other PUBMED_IDs #8 MARKER_TYPE marker type, if available #9 CLONE_SEQUENCE clone sequence itself #10 (UNUSED) #11 FORWARD_SEQ forward sequence #12 REVERSE_SEQ reverse sequence #13 UNISTS_ID UniSTS ID #14 GENBANK_NUCLEOTIDE GenBank Nucleotide ID(s) #15 (UNUSED) #16 ALIAS_VALUE known aliases for this marker #17 ASSOCIATED_GENE_RGD_ID RGD_IDs for gene associated with this marker #18 ASSOCIATED_GENE_SYMBOL symbol for gene associated with this marker #19 CHROMOSOME chromosome #20 FISH_BAND fish band #21 CHROMOSOME_CELERA chromosome for Celera assembly #22 START_POS_CELERA start position for Celera assembly #23 STOP_POS_CELERA stop position for Celera assembly #24 CHROMOSOME_5.0 chromosome for Rnor_5.0 assembly #25 START_POS_5.0 start position for Rnor_5.0 assembly #26 STOP_POS_5.0 stop position for Rnor_5.0 assembly #27 CHROMOSOME_3.4 chromosome for RGSC_v3.4 assembly #28 START_POS_3.4 start position for RGSC_v3.4 assembly #29 STOP_POS_3.4 stop position for RGSC_v3.4 assembly #30 (UNUSED) #31 (UNUSED) #32 CHR_FHHxACI chromosome for FHH x ACI map #33 POS_FHHxACI absolute position (cM) on FHH x ACI map #34 CHR_SHRSPxBN chromosome for SHRSP x BN map #35 POS_SHRSPxBN absolute position (cM) on SHRSP x BN map #36 CHR_RH_2.0 chromosome for RH 2.0 map #37 POS_RH_2.0 absolute position (cR) on RH 2.0 map #38 CHR_RH_3.4 chromosome for RH 3.4 map #39 POS_RH_3.4 absolute position (cR) on RH 3.4 map #40 CHROMOSOME_6.0 chromosome for Rnor_6.0 assembly #41 START_POS_6.0 start position for Rnor_6.0 assembly #42 STOP_POS_6.0 stop position for Rnor_6.0 assembly #43 CHROMOSOME_7.2 chromosome for mRatBN7.2 assembly #44 START_POS_7.2 start position for mRatBN7.2 assembly #45 STOP_POS_7.2 stop position for mRatBN7.2 assembly # MARKER_RGD_ID SPECIES MARKER_SYMBOL EXPECTED_SIZE CURATED_REF_RGD_ID CURATED_REF_PUBMED_ID UNCURATED_REF_PUBMED_ID MARKER_TYPE CLONE_SEQUENCE (UNUSED) FORWARD_SEQ REVERSE_SEQ UNISTS_ID GENBANK_NUCLEOTIDE (UNUSED) ALIAS_VALUE ASSOCIATED_GENE_RGD_ID ASSOCIATED_GENE_SYMBOL CHROMOSOME FISH_BAND CHROMOSOME_CELERA START_POS_CELERA STOP_POS_CELERA CHROMOSOME_5.0 START_POS_5.0 STOP_POS_5.0 CHROMOSOME_3.4 START_POS_3.4 STOP_POS_3.4 (UNUSED) (UNUSED) CHR_FHHxACI POS_FHHxACI CHR_SHRSPxBN POS_SHRSPxBN CHR_RH_2.0 POS_RH_2.0 CHR_RH_3.4 POS_RH_3.4 CHROMOSOME_6.0 START_POS_6.0 STOP_POS_6.0 CHROMOSOME_7.2 START_POS_7.2 STOP_POS_7.2 10048 rat D4Mit20 239 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 GTATCCATTGCCCATAGCCT AAATCAGTTGGCTTGGAAAA 121929 M22670;JH614796;JH614798 oxsts5049 2004 A2m 4 q42 4;4 143736074;143734692 143736296;143736296 4;4 221510881;221397827 221511103;221398049 4;4 158108304;158108305 158108528;158108527 4 1012.9 4 997.54 4;4 154314020;154427762 154314242;154427984 4 154902669 154902892 10049 rat D4Wox16 189 704362;1625128;4890412 15060019 TCACGTGTGTTCTCAAGATCC TCATCGCCATGTTCAACTATTG 117975 M23567;JH614796;JH614798 oxsts4973;R76 2004 A2m 4 q42 4 143728315 143728457 4;4 221504407;221391353 221504549;221391495 4;4 158101830;158101831 158101973;158101973 4 997.91 4;4 154421288;154307546 154421430;154307688 4 154896195 154896338 10054 rat D8Wox10 131 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 9149940;8528248;10673333 GGTATGAGATCAATGCTGCC GGTGCATTTGGACATTTGTAG 118087 D90058 R46;Pkata;RATPKATA2;oxsts5255 67379 Acaa1a 8 q32 8 118235992 118236130 8 127239673 127239811 8;8 124310080;124310081 124310219;124310219 8 1012.2 8 1312.6 8 128032912 128033050 8 119084790 119084929 10055 rat D8Arb22 332 62410;1625128;4890412 9780220;10673333 CAGCATACTCTTCTCTGACTGG CCCGCAATAACAAAAGCCAAGC 240434 D90058 oxsts7961 67379 Acaa1a 8 q32 8 118235917 118236248 8 127239598 127239929 8 124310006 124310337 8 128032837 128033168 8 119084715 119085047 10062 rat D10Wox19 230 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 GAAGACAAAAACTCCCTCCTCG CGCAAACGTCACAAGTATTGGC 118030 J05210;NM_016987;NM_001111095;FQ218829;BC100618;AH011205 oxsts5371;CLATP 2018 Acly 10 q32.1 10 84130040 84130269 10 88186136 88186365 10;10 89421575;89421575 89421804;89421804 10 966.3 10 857.8 10 88392889 88393118 10 85412685 85412915 10074 rat D8Wox15 1625128;4890412 ACTCCAATGCCTGCGATG CACTCAGTGTGCCAATAAGTTTT 517804 X74978 oxsts5260;REP21 2023 Acp3 8 q32 8 104282671 104282821 8 112233298 112233462 8 109362917 109363081 8 112847165 112847329 8 104917506 104917671 10075 rat D7Mgh2 124 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333;7704027 AAACCCAGTGAGCCCCTC CAGAAGTCCAGAAAGCAGTTCC 119603 X58550 Acr;ACROS;oxsts5226 2024 Acr 7 7 706.2 7 956.8 10089 rat D2Mco31 245 62407;1625128;4890412 7873882 CCAACAAATGTGCTGTCCTTCG AACCTGCATTTTCCTGACCTCG 239449 oxsts8239 2044 Adh1 2 q44 10095 rat D10Wox8 263 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 TCAGATTCTGCTTGTTTGGTA GATATCTTAGTTCCCCCTTGC 118098 L08609;L28752 oxsts5360;ADRA1B 2054 Adra1b 10 q21 10 367.3 10 298.61 10097 rat D1Smu2 129 1625128;4890412 CTTCTAAGCCAAAACAGTTC CAACCCCCTCAAGTCATCTC 517805 FT148549;U62754 oxsts4783;ADRAF2 2056 Adra2a 1 1 248764527 248764655 1 282168252 282168380 1 274755723 274755851 1 253050519 253050648 10099 rat D3Mco1 303 62407;1625128;4890412 8064159 GAACCGAACAGTGTAGAGACC TGTGCGTCATTCTGTGGAGACC 239422 L19348 oxsts8260 2057 Adra2b 3 q36 3 126340138 126340449 3 114875178 114875488 10100 rat D3Mco2 290 62410;62407;704362;1625128;4890412 15060019 10673333;8201007;7704027;9149940;9780220 GTAATGGAATCTGATGCCCTC TATTTATCCAGTCCCCTTCAGG 239423 AF366899;U02088 DRFLP;Adrflp;oxsts8271;adrflb;D3Wox44;oxsts4926 2057 Adra2b 3 q36 3 113422004 113422307 3 126330489 126330792 3;3 114865527;114865528 114866426;114865831 3 997.6 3 119804112 119804415 3 114583342 114583648 10102 rat D14Mco2 285 62407;1625128;4890412 8064159 AAGAGAGAGGGGAGGATTGG CACCACATGAACTGAGTGATGG 240167 L19347 oxsts8139 2058 Adra2c 14 q21 14 74397716 74398002 14;14 81419882;81419882 81420170;81420771 14;14 81106260;81106259 81106548;81106548 14;14 80728059;80728059 80728948;80728347 14;14;14 75469752;75469493;75469493 75469784;75469784;75470354 10104 rat D1Arb28 77 62410;1625128;4890412 8812459;10673333 AACTCTTCCAGCAGCGACCC TTCTCCTCCGTAGCCAAGCC 240134 D00634 oxsts7768 2059 Adrb1 1 q55 10105 rat D1Smu1 169 1625128;4890412 GTTTGCGGCCCTGTTCCATC TGCCCACATAAATAGACGCT 517780 U62755 oxsts4782;ADRB1 2059 Adrb1 1 q55 1 251483273 251483441 1 284930993 284931161 1 263038775 263038943 1 277550706 277550874 1 255785337 255785506 10107 rat D18Wox10 110 1625128;4890412 TAGGTTTTTAAGCTGCAAGTGAG CTGTACAAGGAAAACATTAAGCAC 239971 J03024;L39264 oxsts5694;R30 2060 Adrb2 18 q12.1 10108 rat D18Mgh11 344 62410;704362;1625128;4890412 15060019 9870869;10673333 GATTTTGCAGAAGGGGCAC CACAGGATATTTCAAGTCCAAGG 239652 NM_012492;BC086538;J03024;GQ160814;L39264 SB2AR;oxsts8939 2060 Adrb2 18 q12.1 18 53789997 53790337 18 56740139 56740479 18;18 58175106;58175107 58175447;58175447 18 542.0 18 57513941 57514281 18 55642607 55642948 10113 rat D14Mit2 194 1014;62410;62411;704362;1625128;4890412 15060019 10673333 TGCTCCTCTTGGCTTAGGTG CGCAAGGCTAAATGTCTGGT 120964 M18351;X68548 R1102-D09;AFPGA;oxsts8891 2065 Afp 14 p21 14 19.55 14 6.9 14 226.99 14 19161705 19161893 14 17593575 17593761 10114 rat D14Wox8 151 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333 AAGCATAGCAGTGAATTGGTG TTCATCATCCTTTCATAAAGGC 119423 M18351;X68548 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160338325 5 154091335 154091525 33705 rat D18Mit13 148 1016;1010;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 GCTCCATCGTAAGAACCTGG AGGTCTGCGCTTTCATCAGT 120226 CM000248;CH474073 oxsts8950 18 18 1965256 1965405 18 2297884 2298033 18;18 2403265;2403266 2403414;2403415 18 821.0 18 11.6 18 2277804 2277953 18 2088348 2088498 33707 rat D17Mit5 287 1016;1010;62410;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 10673333 TCCCTTGGTTTATTTTGCCA CCTCCTCGTGCTGGAAGTAG 119494 CM000247;CH473990 MIT292;R292;oxsts5681 17 17 70314995 70315274 17 76361596 76361876 17;17 82125182;82125183 82125463;82125463 17 598.7 17 690.7 17 74701926 74702206 17 70852565 70852846 33709 rat D7Mit6 235 62410;704362;1625128;4890412 15060019 9780220;10673333 TGGCTCTGGAGTGGGATTAG TCTGCCCCAAAAAACAAAAG 120511 DH522871;JH616024;CH474127 R293;MIT293;oxsts5238 7 7 54282755 54283006 7 500.1 33711 rat D4Mit5 129 1016;1010;62410;1625128;4890412 10400928 10673333 CTGGCCTCCAGACATGTGTA TTTCATGGATGTAATTGTCACTG 119594 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D9Rat13 127 1014;1016;68693;62411;1010;704362;1625128;4890412 10400928;11178739;15060019 CCCATCTTTACACCTCCCAA GGAAAGGAAACTGGAGGGTC 119154 CM000239;CH473965 R0025-C03;oxsts7497;R025-C03 9 9 63101024 63101134 9 71564163 71564273 9;9 62957527;62957528 62957638;62957638 9 42.32 9 45.5498 9 606.1 9 538.9 9 71010012 71010122 9 65691188 65691299 35845 rat D7Rat16 140 1014;1016;1010;62411;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 TCTTCCCTTCCTCCCTCC AACCCAAGGAATCCCAAATC 119021 CM000250;CH473988 R0025-C07;oxsts7340;R025-C07 1562230 Ctnna3 20 p11-q11 20 25557526 25557946 7 112143411 112143550 7;7 108647237;108647236 108647376;108647376 7 50.06 7 59.07 7 607.2 7 709.6 7 112204378 112204517 7 102920123 102920263 35847 rat D4Rat12 146 1016;1014;1010;62411;704362;1625128;4890412 10400928;15060019 AAGGTCCCTGTATGACTATGGTT AAATTGGGAAATGTTTGCTTTT 121948 CM000234;CH473959 R0025-C11;oxsts7029;R025-C11 4 4 33924454 33924606 4 36467227 36467379 4 23.22 4 20.45 4 272.0 4 184.6 4 36615599 36615751 4 38465774 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